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目的研究编码亚甲基四氢叶酸还原酶(methylenetetrahydrofolate reductase, MTHFR)基因的两个常见突变位点C677T和A1298C与中国汉族人群非综合征型唇腭裂(Nonsyndromic orofacial clefts, NSOC)发生的相关性。方法病例组选取2008年9月至2010年1月期间在南京医科大学附属口腔医院唇腭裂外科病房住院的非综合征型唇腭裂患者200名,对照组选自同期在南京市儿童医院门诊就诊的健康儿童213名,无唇腭裂,无全身系统疾病或先天畸形。两组人群在年龄、性别、居住地方面匹配。使用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性对MTHFR多态位点进行基因分型。结果非综合征型唇腭裂又可分为单纯唇裂(cleft lip only, CLO)、唇裂合并腭裂(cleft lip with or without palate,CLP)及腭裂(cleft palate only,CPO)。单纯唇裂和唇裂合并腭裂具有相似的发病机制,合并为一组,称为唇裂伴或不伴腭裂(cleft lip with or without cleft palate,CL/P)。在对照组中,三种基因型的频率分布符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律(MTHFR C677T为P=0.24, MTHFR A1298C为P=0.54)。MTHFR C677T对照组与病例组的基因型分布无统计学差异( P>0.05 ),纯合突变型TT和总突变型(CT/TT)儿童罹患NSOC的风险分别是CC基因型儿童的1.84倍及1.57倍。进一步分层分析发现TT基因型和CT基因型能分别显著增加儿童CL/P和CLO的发病风险。MTHFR A1298C病例组和对照组在基因型频率和等位基因频率有统计学差异(P<0.05),携带杂合突变型AC和总突变型(AC/CC)的儿童罹患NSOC的风险比携带野生纯合子AA基因型儿童低。分层分析中,AC基因型和总突变型(AC/CC)可降低罹患CLP及CL/P的风险。结论MTHFR C677T可能为中国汉族人群NSOC的危险因素,而MTHFR A1298C有可能是NSOC发生的保护因素。