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福建具有丰富的茶树资源,作为福建重要经济作物之一,拥有悠久的茶树栽培历史。同时由于茶树品种间的杂交及长期引种栽培,积累了大量的茶树种质资源。为了鉴别福建茶树种质资源,探索出适合用于茶树遗传多样性分析的方法,本研究对共55份供试材料的遗传多样性进行分析。试验采用了 ISSR、SCOT、iPBS三种标记对55份福建主要茶树品种(品系)茶树资源的遗传多样性进行分析,并分别构建了 55份供试材料的指纹图谱。具体结果如下:(1)筛选出的11条ISSR引物对55份供试材料共检测出156个位点,其中多态性条带152条,平均每条引物扩增出14.2条,平均PPB为97.45%。获得的55份材料间的遗传相似系数在0.56~0.92之间,平均为0.72,构建了 55份茶树品种(系)的ISSR标记指纹图谱。55份供试材料共两个群体的观测等位基因数Na为1.87,有效等位基因数Ne为1.54,Nei基因多样性为0.31,香农指数Shannon为0.46,遗传分化Gst为0.05,基因流Nm为9.99。在遗传相似系数为0.68处,将55份茶树资源分成3大类。(2)本实验首次利用SCOT标记对福建茶树资源进行分析,构建了适用于福建茶树资源SCOT-PCR扩增体系。从38条SCOT引物中筛选出的16条多态性引物,构建了 55份茶树品种(系)的SCOT标记指纹图谱。对55份材料共扩增出219条条带,多态性条带为216条,平均每条引物扩增出13.8条,多态性比率PPB为93.15%,55份供试材料的GS介于0.49~0.85,平均为0.67。SCOT标记分析55份供试材料共两个群体的观测等位基因数Na为1.93,有效等位基因数Ne为1.54,Nei基因多样性为0.32,香农指数Shannon为0.48,遗传分化Gst为0.067,基因流Nm为7.01。在遗传相似系数为0.64处,将55份茶树资源分成2大类。(3)本研究首次利用iPBS标记对茶树资源进行分析,构建了适用于茶树iPBS-PCR扩增体系。从48条引物中筛选到的13条多态性引物,构建了 55份茶树品种(系)的iPBS标记指纹图谱。对55份茶树资源共扩增出216条条带,平均每条引物扩增出16.61条,平均PPB为95.83%,遗传相似系数GS介于0.4444~0.8379之间,平均为0.639。iPBS标记分析55份供试材料共两个群体的观测等位基因数Na为1.96,有效等位基因数Ne为1.69,Nei基因多样性平均为0.39,香农指数Shannon为0.56,遗传分化Gst为0.057,基因流Nm为8.34。在GS为0.61时,55份供试材料可以分成3大类。(4)ISSR分子标记所检测的遗传多样性各指数和相似系数均高于SCOT和iPBS标记,且引物扩增多态性也最高,表明ISSR标记多态性检测能力均高于另外两种标记。采用引物组合法所构建的55份供试材料的指纹图谱中,iPBS标记构建55份茶树指纹图谱效率最高,只用2条引物11个位点,而ISSR和SCOT分别用了 4条16个位点和5条15个位点。ISSR、SCOT和iPBS标记的引物多态性都较高且相差不大,表明三种标记均适用于茶树遗传多样性分析。由三种标记组合的ISSR+SCOT+iPBS标记结合了单种标记的优点,能更全面的对供试材料的基因组进行分析,茶树资源的聚类分布较合理。在今后丰富的资源背景下,可利用几种标记结合的方式对供试材料进行分析。三种不同标记所分析的55份供试材料的多样性,反映出福建茶树资源的丰富性,构建的55份供试材料的DNA指纹图谱可为福建茶树资源的鉴定,为茶树杂交育种工作提供理论依据。