甘蓝型油菜响应缺氮胁迫的基因表达谱及共表达网络分析

来源 :华中农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:dragonlumeng
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
氮是植物必需的大量营养元素,作物缺氮会出现老叶黄化、茎秆变细、植株矮小等现象,进而产量降低。我国土壤普遍缺氮,农作物产量依靠大量施用氮肥来维持。近年来,我国农田氮肥施用量逐渐升高,而氮肥利用率不升反降。大量未被作物吸收利用的氮素损失到大气、水体中,造成温室效应、水体富营养化等环境问题。探究植物高效吸收、利用氮的分子机制,培育氮高效作物,是提高氮肥利用率,降低氮肥施用量的重要研究方向。甘蓝型油菜(B.napus,AACC,2n=38)属于十字花科芸薹属,是甘蓝(B.oleracea,CC,2n=18)和白菜(B.rapa,AA,2n=20)自然杂交形成的异源四倍体植物,其种子产油量高,营养丰富,是我国种植面积最广的油料作物。甘蓝型油菜对氮肥的需求量大,但氮利用效率不高。本研究以新型甘蓝型油菜氮高效基因型D4-15和氮低效基因型D2-1为材料,通过多时间点氮饥饿转录组数据分析,探究甘蓝型油菜响应缺氮胁迫的分子机制及氮高效的机理,主要研究结果如下:1.甘蓝型油菜响应缺氮胁迫的转录谱通过RNA-Seq数据分析得到甘蓝型油菜氮高效基因型D4-15及氮低效基因型D2-1苗期根部、地上部在氮饥饿胁迫各时间点(6 h、24 h、3 d、7 d)的基因表达谱。在氮饥饿和正常供氮处理间共检测到24435个差异表达基因(|log2(fold change)|>1&p.adj<0.05),其中地上部19097个,根部11106个。氮高、低效基因型D4-15和D2-1间共检测到17786个差异表达基因,其中地上部13298个,根部9137个。既在氮处理间差异表达、又在基因型间差异表达的基因共8811个,其中地上部6271个,根部2521个。GO富集分析表明:氮处理间差异表达基因主要富集在含氮有机物合成、多肽及氨基化合物合成等生物途径;基因型间差异表达基因主要富集在氧化还原、氨基酸代谢、有机酸代谢、跨膜转运等生物途径。KEGG富集分析表明:氮处理间差异表达基因主要富集在光合作用、淀粉及蔗糖代谢、氨基酸代谢及脂肪酸降解等代谢途径;基因型间差异表达基因主要富集在芥子油苷生物合成、谷胱甘肽代谢、色氨酸代谢、类苯基丙烷生物合成及酪氨酸代谢等代谢途径。2.甘蓝型油菜响应缺氮胁迫的基因共表达网络对在氮处理间及氮高低效基因型间均差异表达的基因,根据其在D4-15中氮饥饿及正常供氮各时间点表达模式构建权重共表达网络(WGCNA)。根部共得到12个模块,其中6个模块在D2-1、D4-15间表达趋势有明显差异,主要与核糖体生物合成、糖代谢、脂肪酸降解及有机氮化合物代谢等途径相关。地上部共得到13个模块,5个模块在D2-1、D4-15间表达趋势有明显差异,主要与氮代谢、谷氨酸合成、丙酮酸代谢、脂肪酸代谢等代谢途径相关。选取每个网络中连通度居于前十的基因为核心基因,发现大多为植物激素相关基因,如介导生长素转运的WAT1、PGP4、IAA26 isoform X1,响应赤霉素、脱落酸及油菜素甾醇的GASA1,响应赤霉素的DAG2和响应脱落酸的LTI65等,表明植物激素在缺氮胁迫响应中具有重要的调控作用。3.甘蓝型油菜响应短期及长期缺氮胁迫的基因表达氮同化、光合作用及植物激素信号转导相关基因均响应短期缺氮胁迫(6 h、24h)。短期缺氮处理抑制了部分硝酸盐转运子及铵转运子的表达,参与氮同化的NR、NiR和谷氨酸合酶NADH-GOGAT的基因表达也主要受到抑制。光合作用中,光系统Ⅰ和光系统Ⅱ中部分光能捕获及能量传递相关的基因表达被抑制。植物激素代谢与信号转导相关基因的表达同样受到短期缺氮胁迫的影响。长期缺氮胁迫(3 d、7 d)主要影响了糖代谢、氨基酸代谢及脂肪酸合成等途径中的基因表达。长期缺氮胁迫促进了淀粉及蔗糖合成途径中一些基因的表达,糖异生途径中,地上部PEPCK的表达量降低,而PPDK的表达量升高。长期缺氮胁迫促进了与谷氨酸积累相关基因的表达,抑制了与脂肪酸合成与延长相关的大部分同源基因在地上部的表达。氮高效基因型D4-15和氮低效基因型D2-1对缺氮胁迫的响应存在差异。短期缺氮胁迫中,部分NRT、AMT及NR相关基因只在D4-15中的表达受到诱导,可能与D4-15更强的氮吸收及同化能力有关。光合作用中,部分光系统Ⅰ的同源基因只在D4-15中被诱导,可能与其更高的光合效率有关。ABA、IAA、CTK及乙烯合成相关基因也在二者中表达模式不同。长期缺氮胁迫中,参与淀粉合成、淀粉分解及蔗糖合成的一些基因仅在D4-15地上部表达量上升,可能与D4-15更高的干物重有关。与谷氨酸积累和脂肪酸合成相关的同源基因在D4-15中受到长期缺氮胁迫诱导表达,而这些基因的表达在D2-1中没有被诱导,同样表明了D4-15的抗胁迫能力可能强于D2-1。
其他文献
<正>2019年11月21日下午,广东省卫生健康委质控工作考察团莅临上海市临床检验中心考察交流临床检验质量控制工作。考察团成员包括深圳市第三人民医院副院长、深圳市感染性疾
目的:对比分析孤独谱系障碍(ASD)与正常儿童(TD)两组儿童情绪能力特征,并探讨其情绪能力特征与其面部表情识别正确率之间的相关性。 方法:对31例符合美国精神障碍诊断和统计手册第5
模拟法庭亦称模拟审判教学,是指在教师的指导下,以学生为主体,模仿法庭审判的一种实践性法学教学活动。模拟法庭在推进中职法律课程改革中发挥着极为重要的作用,是法律教学课程改
文章回顾和总结了2013年全国农业资源区划工作,全面分析了当前及今后一个时期农业资源区划工作面临的新形势、新任务,围绕农业资源利用、环境治理、生态建设等方面认真研讨了
该文将研究二维分数阶发展型方程的正式的二阶向后微分公式(BDF)的交替方向隐式(ADI)紧致差分格式.在时间方向上用二阶向后微分公式离散一阶时间导数,积分项用二阶卷积求积公式近
[目的]探讨多团队合作的早期活动干预对老年重症肺炎预后及生活质量的影响。[方法]选择2014年8月—2016年8月在某三级甲等医院呼吸内科收治的老年重症肺炎病人72例,按入院时
立磨机的托盘部件在立磨中起着承载压力与传递扭矩的作用,它的结构合理性与可靠性关系着立磨的可靠运行及经济性。应用Solidworks进行托盘设计,将模型导入Simulation进行有限
因鸟类具有分布广泛、生活史清楚、易于观察、调查技术方法成熟等特点,能较明显地反映环境质量和变化情况,而成为较好的监测物种,并形成了有效地管理措施。文章以北美开展的鸟类
介绍了近年来高等植物体内ABA的合成部位、ABA生物合成缺陷型突变体、ABA生物合成途径及其调控的最新研究进展.