保护区内珍稀植物群落学研究是生物多样性保护及可持续经营的基础，具有重要的理论和现实意义。本文通过对福建万木林自然保护区三种珍稀植物群落即观光木群落、沉水樟群落、罗浮栲群落及其与马尾松群落的对比分析，从不同方面定量分析群落中珍稀植物目前状态及濒危原因。发现仅靠禁封不能有效地保护万木林自然保护区中的珍稀濒危植物，进而提出珍稀植物保护的具体措施和方法，从而为保护及可持续性经营提供理论基础。 数量分析结果表明：四群落垂直结构分层明显，乔、灌层物种多度分布同时符合对数级数分布和Weibull分布；高度级结构分析得物种丰富度、个体数及胸高断面积均表现为第三高度级为最高，然后向两方面减少，即呈两端少，中间多的状态，林下幼苗更新弱；径级结构分析得物种数、株数随径级分布呈倒“J”型，并各能以不同方程很好的拟合；高度结构动态分析得观光木种群失稳率为负且值最大，表现为最强的衰退趋势，4个群落总体分享度很低；多样性分析结果表明，不同群落的各种指标表现差异较大，群落多样性整体比较分析得马尾松群落的R、H、E均高于其它三群落；生态位分析表明4个群落乔木层主要种的生态位B_sw和B_L基本一致，灌木层主要种的B_sw和B_L除观光木群落的表现有差异，其它3群落一致；4个群落生态位相似比均较大，马尾松为最大；生态位重叠值以马尾松群落最大，沉水樟群落最小，灌木层的生态位重叠表现与乔木层一致；主要优势种种间关系分析表明4群落乔木层树种种间总体关联呈正联结，而灌木层除观光木群落中优势种总体关联为负关联，其余3群落亦为正关联，各群落中主要优势种种对间关联差异明显；优势种格局分析三种珍稀植物均表现为随机分布；群落稳定性分析表明4个群落均处于不稳定状态。 上述结果分析表明了三种珍稀植物无论从自身的生物学敏感性，还是所处环境的脆弱性，均处于不稳定状态，将其划为保护物种是科学的，进而有针对性的提出保护及可持续经营措施。