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参考GenBank上发表的猪圆环病毒Ⅱ型(porcine circovirus 2，PCV2)全基因组序列，设计一对引物，通过反向PCR技术扩增出广西、湛江、海南等地9株PCV2流行株的全基因，并进行了序列测定与分析，结果表明：9株PCV2的基因组全长为1768bp或1767bp，同源性比较发现，这9株PCV2核苷酸序列间同源性为95.6％～100％，与各国PCV2毒株的核苷酸同源性为95.1％-99.8％，其中与法国和新西兰代表株的亲缘关系较近，而与美国、加拿大和澳大利亚代表株的亲缘关系较远。9株PCV2的ORF2核苷酸及推导的氨基酸序列同源性分别为93.1％～100％和91.8％～99.6％，存在较大的变异。对2005年12月31日前GenBank上已公布的26株PCV1和262株PCV2的全基因序列进行了核苷酸的同源性比较，并对其ORF1和ORF2进行了核苷酸和推导氨基酸序列的比较，结果发现：从核苷酸水平来看，PCV1与PCV2明显分为两枝，PCV1间分布没有规律，而PCV2间又分为以来自美国、加拿大、澳大利亚的序列为代表的亚型Ⅰ和以来自法国和新西兰的序列为代表的亚型Ⅱ，但从ORF1和ORF2氨基酸水平来看，其分型并没有规律可循。对中国的97株PCV2核苷酸序列进行分析发现，来自广西、湛江、海南的9株和台湾的11株相对较集中，广西、湛江、海南的9株同属于亚型Ⅱ，台湾的11株同属于亚型Ⅰ，而来自其他各省的PCV2序列分布较复杂，大部分分布于亚型Ⅱ，少部分属于亚型Ⅰ。从遗传进化树可以看出，PCV2的分布并没有地域性和时序性。数据统计显示，尽管PCV2各毒株相隔近十年，但其同源性并没有发生太大的改变，可见PCV2相当保守。另外对PCV2的碱基和氨基酸突变位点进行统计发现，PCV2序列间变化更倾向于碱基的颠换，但无单个碱基和氨基酸的偏好性。猪2型圆环病毒(PCV2)是一种重要的免疫抑制性病原，近年来给养猪业造成了巨大的经济损失，但到目前为止，还没有找到有效的疫苗来预防此病的发生。本研究以PCDNA3为载体，与PCV2广西地方株的ORF2全序列、ORF2中的高变区V1、V2、V3、V1-V2连接，分别成功构建了真核表达质粒PCDNA3-ORF2、PCDNA3-V1、PCDNA3-V2、PCDNA3-V3和PCDNA3-V1-V2。对阳性真核表达质粒大量生产并纯化后，免疫5周龄左右的雌性小白鼠，每只200μg，然后分别于一免后7天、14天，二免后7天、14天用ELISA检测免疫后小白鼠血清中抗体的产生情况，结果发现这5种真核表达质粒均能刺激小白鼠产生PCV2特异性抗体，相比之下，真核表达质粒PCDNA3-V1-V2诱导小白鼠产生的PCV2抗体水平更高，维持时间更久。