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果蝇由于遗传易操作性而成为一个研究昼夜节律分子机制的理想模式生物.到目前为止,通过遗传学和生物化学方法已经鉴定到10多个时钟基因(clock genes)和许多时钟相关基因,包括时钟输入基因和钟控基因.这些时钟基因以及它们的相应产物组成两个互相依赖的转录/翻译反馈环路,从而调节行为和生理的昼夜节律.果蝇这种核心钟的工作原理同样见于哺乳动物.