【摘 要】
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通过分子动力学模拟研究了MMP-2和hydroxamate抑制剂之间的作用模式.在分子动力学模拟中,对于催化区的锌离子和其共价结合的配体(包括抑制剂和组氨酸)采用了键合的模型.从模
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通过分子动力学模拟研究了MMP-2和hydroxamate抑制剂之间的作用模式.在分子动力学模拟中,对于催化区的锌离子和其共价结合的配体(包括抑制剂和组氨酸)采用了键合的模型.从模拟的结果可以看到,R1取代基和MMP-2的S1疏水口袋中的部分残基能形成很好的几何匹配,从而可以产生很强的范德华和疏水相互作用.模拟结果也表明,两个抑制剂和MMP-2之间分别能形成5个和8个氢键,抑制剂B比A活性更高的原因就是能够形成更加有利的氢键作用模式.在整个模拟过程中,催化锌都能保持好的五配位形式,配位键的长度也处于稳定的
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