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以2006—2015年我国28个地区地方高校科研的投入产出数据为基础,运用DEA-Malmquist指数法对其科研效率进行测度,分析了各地区地方高校科研效率的变化情况。结果表明：地方高校科研全要素生产率年均增长2.1%,其中技术进步是推动全要素生产率增长的主要动力;当前我国地方高校科研效率发展呈现波动状态;地方高校科研效率提高的地区占比为46%,科研效率总体状况有待提升;地区间地方高校科研效率差异大,呈现出地区间的不平衡性。