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DNA甲基化是表观遗传修饰的主要方式之一，在基因表达调控中发挥重要作用。本研究以不同倍性（2x、3x、4x）西瓜为试材，采用基于DNA甲基化敏感酶的扩增多态性分析（Methylation-Sensitive Ampliftcation Polymorphism，MSAP）方法，在全基因组水平上探究西瓜同源多倍化过程中DNA序列中CCGG位点的甲基化水平及模式变化特征。研究中选用23对选扩引物，共检测到1883个基因位点。二倍体、三倍体、四倍体中检测到的位点数分别为647、655和581；其中发生甲基化的位