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瘤胃产甲烷菌代谢产生的甲烷气体不仅会造成动物消化能的损失,而且增加温室效应,是当前的一个研究热点。高通量测序技术具有诸多优越性,其在瘤胃产甲烷菌研究中的迅速应用,使研究者不仅能够对反刍动物瘤胃产甲烷菌系统分类,还能深入分析瘤胃产甲烷菌群落结构和多样性,有助于系统开展反刍动物瘤胃产甲烷菌的研究。文章综述了高通量测序的优点及其在反刍动物瘤胃产甲烷菌群研究中的应用进展,为研究甲烷菌群产生甲烷的机制提供参考。