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共青团九届三中全会
1966年4月1日至20日，中国共产主义青年团第九届中央委员会第三次全体会议在北京举行。团中央书记处书记胡克实代表团中央作了题为《一定要把共青团办成活学活用毛泽东思想的学校》的报告。团中央第一书记胡耀邦在会议结束时讲了话。全会一致通过了《关于在全国青年中更好地开展学习毛主席著作运动的决议》。
在当时大力强调“突出政治”的社会氛围中，团的九届三中全会着重讨论了突出政治与青年工作的关系。会议认为：突出政治就是突出毛泽东思想。共青团一定要把活学活用毛泽东思想放在第一位。毛泽东思想是当代马克思列宁主义的顶峰，是最高最活的马克思列宁主义。毛泽东思想不仅是中国革命和建设的指针，而且是世界无产阶级和一切被压迫人民反对帝国主义、反对现代修正主义和一切反动派的强大思想武器，是解放全人类的伟大旗帜。有了毛泽东思想，中国革命就胜利，建设事业就兴旺。有了毛泽东思想，世界革命就能成功。对毛泽东思想采取什么态度，是真革命同假革命的试金石。活学活用毛主席著作，是我国青年革命化的必由之路。全团对毛泽东思想要无限信仰，无限崇拜，这就是信仰真理，崇拜革命。
会议要求：全团要认真学习和推广山东省临朐县李家庄团支部组织青年活学活用毛主席著作的经验，努力发现和培养自己的“李家庄”。共青团九届三中全会期间，胡耀邦对李家庄团支部书记尹兴方说：“你们那里有多少人读完了《毛选》1至4卷？”“能不能每人发一套《毛选》？试一试几年能读完，可先读4篇哲学（文章），再读4篇战争（文章），再读4篇整风（文章）。”4月23日，团中央在中国美术馆举办“李家庄团支部组织青年学习毛主席著作展览”。胡耀邦看了展览后对《中国青年报》的同志说：“对李家庄的经验，一篇报道不清楚，要分若干篇报道，一个礼拜报道不完，可分两个礼拜。”
针对意识形态领域的“文化大革命”，会议要求：“全团应当克服那种认为意识形态领域的斗争与己无关和无能为力的错误思想。要把广大团员和青年发动起来，参加这场社会主义的文化大革命。”5月9日，李家庄团支部给山东团省委写信，表达拥护“文化大革命”的决心。信中按照大批判的调子批判了“三家村”，最后表示：“团支部决心带领青年在社会主义文化大革命的斗争中，经风雨，见世面，学会两套本领：美帝国主义来了，我们就拿起枪杆和他们武斗；资产阶级从文化战线上向我们进攻，我们就拿起笔杆同他们文斗。”
5月31日，团中央发布决定：在六一国际儿童节，表扬一批少先队组织、“以团带队”的团支部和少先队辅导员。团中央的决定强调指出：“目前，全国正面临着一个社会主义文化大革命的高潮。这是在意识形态领域里的一场十分尖锐激烈的阶级斗争，是关系到我们党和国家的命运和前途的头等大事，也是关系到世界革命的一件头等大事。各地团的组织和辅导员，一定要高举毛泽东思想伟大红旗，积极投入这个伟大的革命运动，向反党反社会主义的黑线开火。”
在1966年4月到5月期间，团中央和全国其他系统一样，努力宣传对毛泽东的个人崇拜，引导青年积极学习毛泽东著作，积极参加对“三家村”的批判，对“文化大革命”持积极参与的态度。
组建“北京市中学文化大革命工作团”
1966年5月中共中央政治局扩大会议召开后，大中学校的秩序开始混乱，学校校长和一些教师被当作“黑帮”来批斗，不少学校的党委陷入瘫痪状态。6月3日，刘少奇紧急召集中共中央政治局常委扩大会议，研究“文化大革命”问题。会上讨论了准备向学校布置的“大字报要贴在校内”“游行不要上街”等八条要求。新改组的中共北京市委第一书记李雪峰最后提议：“有的学校领导瘫痪了，领导不起来，就派工作组进去领导。希望团中央、中组部组织人力帮助。”北京市委根据这次会议的精神，开始向各学校派出工作组。大学工作组成员由中央组织部从各部委抽调，中学工作组成员由团中央抽调。
中央政治局常委扩大会议结束当天，团中央就召开了书记处紧急会议，传达了政治局扩大会议的精神，成立了由3位书记组成的领导小组，抽调了60名干部和刚被改组的北京新市委一起，于6月3日晚至5日，派工作组进驻北京师大女附中、清华附中、北京四中等16所中学。6月7日至9日，团中央又从北京和全国各地抽调1800多名干部，组成了300多个工作组，陆续向北京市8个城区的中学派出。为便于对这些工作组的领导，6月7日团中央成立了“北京市中学文化大革命工作团”，团长和副团长分别由团中央书记处书记胡克实和惠庶昌担任。同时，在北京8个城区成立中学“文化大革命”工作队，由部分团中央书记处书记、常委或部长担任队长。
从6月9日到6月27日，胡克实多次传达中央的指示，指导派往各中学的工作组开展工作。面对学校的混乱局面，胡克实传达的指示有：试讲一下“二十三条”中的某些内容，在支持革命前提下如何划清界限。真正的左派是能够接受我们的政策的。一定要很好地教育提高左派，革命左派不仅要敢于同牛鬼蛇神作斗争，同时又最能够团结大多数。阶级阵营分清后，要恢复党团组织生活，在工作组领导下恢复必要的行政职权。对于假左派，要坚决揭露，他们实际上是想夺权。免不了有些混战的场面发生，这是几种原因造成的。有从敌人来的，有从假左派来的，有的是从幼稚的左派来的。凡是混战的地方，还是把假左派、真右派打退，才能向黑帮进攻。从这些指示可以看出，中央一线领导集体借鉴的是1957年反右派斗争的经验，从加强党的领导出发，力图把运动纳入有秩序的轨道，稳定局势。“北京市中学文化大革命工作团”坚决执行这些指示。
7月13日，刘少奇主持召开中共中央政治局常委扩大会议，听取共青团中央关于《北京市中学文化革命的初步规划》的汇报。团中央在汇报中认为，运动分两大阶段：第一阶段，放手发动群众，组织革命队伍，开展清政治、清经济、清组织、清思想的斗争。第二阶段，有计划、有步骤地进行教育和学制改革。第一阶段的工作可以通过三种办法（校内斗争、分批集训、区校结合进行活动）进行。团中央提出：在运动中，党团组织长期处于停顿和解体的状态是很不利的。工作组应当把整顿党团组织，恢复、健全和发挥党团组织的作用，作为一项重要的工作任务。要采用边斗争、边整顿、边提高的方针，使党组织成为这次运动中的领导力量，使团组织成为党的有力助手。在运动中，学生离开党团组织另外自发建立起来的一些左派组织，多数的在运动初期起过积极作用，但是长期下去后果不好，不利于巩固无产阶级专政和巩固党的绝对领导，应当用说服教育的办法，把他们的活动逐步统一到党团组织和文化革命委员会的活动里来。 刘少奇听取汇报后指出：我们的教育，是从资产阶级的教育沿袭下来的，所以，不能对所有具有资产阶级教育思想的人都批判，只是批判少数代表人物，大多数人从中受到教育，树立无产阶级的教育路线。建立、健全党团组织生活，恢复和发挥党支部的领导作用、团支部的助手作用。这应单列一条。不要把党、团组织放在一边，要在运动中观察党、团组织，看它能不能领导，同时也锻炼党、团组织。要明确地提出，把建立、整顿、健全党、团组织，恢复党支部的领导作用、团支部的助手作用，作为一条任务。清经济。政治清了，组织清了，思想也清了，趁这个机会把经济也清一下。刘少奇还提出：第一阶段的工作，初中在八九月底搞完，争取10月开学上课；高中在九十月搞完。
在派工作组问题上，团中央与中央一线领导集体是一致的，即都希望“文化大革命”有秩序地进行。因此，团中央在派工作组领导北京市中学的“文化大革命”时是比较得力的。7月22日，胡克实在政治局常委扩大会议上汇报说“已经走上正轨了”。
团中央被改组
1966年7月24日、25日，从南方回到北京不久的毛泽东连续召开会议批评工作组。28日，中共北京市委发出《关于撤销各大专学校工作组的决定》，文件中说这一决定“也适用于中等学校”。29日，北京市委在人民大会堂召开北京市大专院校和中等学校师生文化革命积极分子大会，正式宣布了撤销工作组的决定。当天晚上，石油学院附中等8所学校的红卫兵和学生，拥到团中央机关造反。次日下午，中央文革小组成员张春桥、王力、关锋、戚本禹等来到团中央机关，对在团中央机关造反的红卫兵表示支持。
8月1日，中共八届十一中全会在北京召开。当天下午，江青、陈伯达以中央文革小组的名义，与团中央书记处成员胡耀邦、胡克实、王照华、李淑铮等谈话。在谈话中，他们说：青年团成了老年团了，有好的青年你们看不见，只看见恭敬你们的、顺从你们的，头脑腐败。中共八届十一中全会召开期间，毛泽东仍然严厉批评工作组，同时也对团中央派工作组进驻学校的做法进行批评，认为这是镇压学生运动。
8月6日，康生在参加红卫兵组织的辩论会时说：“共青团有严重错误”，“团中央某些人不是站在无产阶级文化大革命方面，而是站在资产阶级镇压革命这一方面”。他还说，你们提出的“改组共青团”“这一要求是很正确的”，“红卫兵、红旗战斗小组应该成为我们改造共青团的主要骨干。过去团组织放松，我看有点像全民团，就是说，有的团组织阶级路线不明显”。
有了中央文革小组的表态，团中央实际上已经成为被公开批判的对象，处于瘫痪的状态。从8月12日下午开始，数千名造反派冲进团中央机关，高呼“改组团中央”“不改组团中央决不撤离”等口号，有些人还手持皮带、铁棍、匕首等凶器，见到团中央的主要领导人就围攻、抽打。
8月13日晚，北京市中学红卫兵和学生在工人体育场召开万人大会，中共中央政治局常委李富春在会上宣布：团中央书记处书记胡耀邦、胡克实、王伟、张德华、胡启立停职反省，改组共青团九届中央委员会书记处，成立临时书记处。散会后，立即有一批红卫兵拥到团中央机关连夜揪斗团中央书记处书记胡耀邦、胡克实等人。团中央机关大楼被一批批红卫兵和中学生占领，工作陷于停顿。
15日，在团中央机关礼堂正式召开了团中央系统工作人员大会，李富春在会上再次宣布了中央的决定：改组九届团中央书记处，成立临时书记处，其任务是负责总结团九大以来的工作，筹备召开团中央全会。李富春还说：改组团中央是各学校的革命学生的要求，团中央的几个主要负责同志在文化革命中有错误，错误主要有三条：第一，团中央的主要负责同志没有高举毛泽东思想伟大红旗。第二，无产阶级立场不坚定。第三，没有真正走群众路线。会后，李富春临走上车时还一再叮嘱团中央机关文革筹委会（成立于1966年8月12日）主任周宝兴说：你们要注意他们（指书记处成员）的安全，让他们退出一线好好反省，要保护他们，他们是同志嘛，有什么事情随时联系。
随着团中央书记处被改组，团中央机关工作人员也纷纷起来造反，表示支持红卫兵到团中央造反的行动。随即，团中央机关内的部分人成立了“团中央机关造反军团”，团中央机关的各工作部门也出现了名称五花八门的群众组织，并开始对团中央书记处书记和各部门负责人进行揪斗和批判。在一段时间里，胡耀邦、胡克实等团中央书记被关在办公大楼二层的一间房子里，只要来团中央机关看大字报和造反的人站满机关大院，就会有人喊口号，胡耀邦、胡克实等几位书记也就会被从房间里押出来，站到二楼的阳台上示众。这个示众的过程是，每个被示众的人自报姓名和家庭出身，自述自己的“罪行”，到场群众高呼口号，然后再把这些被示众的人押回室内。
共青团组织得以保存
团中央被改组后，出现了诸如“团中央已经修到了家”，共青团是“全民团”“生产团”“娱乐团”，要“彻底砸烂”的呼声。一时间，社会上出现了砸团徽、撕团旗、烧团章、解散团组织的混乱现象。改组后的团中央机关每天要接待成百上千的来访者，要回答有关共青团的各种问题。团中央机关文革筹委会将这些情况向李富春作了汇报。1966年8月23日，李富春作出明确指示：团徽、团旗、团的名称是在全国团的代表大会上通过的，是经中央批准的。各省、市团组织和工矿农村团委的工作照常进行，现在仍要按团章办事，不是取消团章。1966年9月10日，周恩来在首都大中学校红卫兵代表第二次座谈会上讲话时指出：共青团中央是揪出了一些犯错误的同志，但是不能说所有的共青团领导都烂了，不能因此解散共青团组织，不能说2000多万共青团员都烂掉了。多数团员还是好的或比较好的。
1967年初，团中央临时书记处被“团中央机关革命造反军团”夺权。李富春出席夺权大会时谈道：团中央“文化大革命”的领导权，造反派接收过来以后，这只是一个开始，还有许多工作要做。团中央的日常业务、行政工作、财政工作、对外联络工作，还有各级团委的请示、解答问题，这些都由你们来做。2月14日，李富春跟“团中央机关革命造反军团”联系人谈话时说：共青团的前途中央没有定，一个方案是红卫兵代替青年团，一个方案是红卫兵加入青年团。青年团不只是学生，工人有青年团，农民有青年团，解放军有青年团，他们不一定建立红卫兵。中央还没有下决心，看工厂运动的发展，看农村运动的发展，看解放军运动的发展。3月25日，李富春对“团中央机关革命造反军团”重申了上述意见。言下之意，就是共青团组织继续存在，夺权后的团中央继续领导全国共青团的工作。 尽管如此，共青团前途未定的说法还是使团组织处于混乱状态，特别是“文化大革命”中成立的红卫兵组织势力强大，有取共青团而代之的趋势。1967年11月27日，中共中央、中央文革小组发出《关于征询召开“九大”的意见的通报》，提到“不少同志很关心共青团的问题，希望‘九大’就此作出决定”。
12月8日至21日，全国部分省、市、自治区“摧旧团联络站”座谈会在西安地质学院召开，12个省、市及西安、宝鸡、咸阳等29个地市40多个单位的97人参加了会议。会上交流了所谓“摧旧团”的经验，讨论了“红卫兵代替共青团”“红小兵代替少先队”的问题，印发了《共青团向何处去？———关于红卫兵和共青团的关系及前途问题的调查报告》，通过了《会议纪要》，诬蔑“十几年来，团的工作贯彻了一条又长又粗的修正主义路线”，“必须彻底砸烂”。“摧旧团座谈会”结束后，组成7人“赴京汇报团”。
12月16日，政治上已经失势的戚本禹在谢富治的陪同下与北京部分大中学校的代表座谈整顿红卫兵和共青团的问题。戚本禹总结了讨论中的四种意见：一、共青团和红卫兵同时存在。二、取消共青团由红卫兵代替。三、用共青团取代红卫兵。四、学校用红卫兵，部队、农村用共青团。谢富治说：“红卫兵、共青团怎么整顿，由全国人民讨论，最后由我们伟大领袖毛主席决定。”
《人民日报》、《红旗》杂志、《解放军报》在1968年的元旦社论中提出要整顿党组织，同时提出“共青团、红卫兵、各革命群众组织，都应当从思想上、组织上进行整顿，提高觉悟，纯洁队伍，肯定成绩，克服缺点，加强无产阶级党性，打倒资产阶级、小资产阶级派性”。这里把共青团与红卫兵和其他群众组织并列，说明中央并没有取消共青团的想法。
1969年4月1日至24日，中共九大在北京举行。28日，毛泽东在中共九届一中全会上说：“还有一个团支部，整团的问题，也提出来了。”有了毛泽东的讲话，取消团组织的论调逐渐消失。共青团虽然在“左”的路线下进行整顿，造成了许多混乱，但团组织毕竟被保留下来了。
在毛泽东批评工作组之前，团中央一方面组织青年学习毛泽东著作，参与文化批判；另一方面则努力把运动置于党的领导下，试图使运动有秩序地开展。团中央在这些工作中表现得十分积极，正是党多年教育和领导的结果。应该说，团中央的工作也存在许多“左”的、片面的做法，这是由当时党的路线决定的。团中央的命运，与其他许多部委机关类似，都是以毛泽东对工作组的严厉批评为转折点的，由主动转为被动，进而被打倒。工作组被撤销后，团中央成为造反的对象，工作基本陷入瘫痪状态。
“文化大革命”中，中央文革小组从“左”的方面对团中央进行批判，恰恰从反面证明团中央坚决执行了党多年来一以贯之的领导，是与极左路线相对抗的。虽然团中央经历了被改组、被夺权的磨难，但毛泽东只是谈到要整顿共青团，一直没有表示要取消共青团，因而共青团组织在“文化大革命”中得以一直存在。
1966年4月1日至20日，中国共产主义青年团第九届中央委员会第三次全体会议在北京举行。团中央书记处书记胡克实代表团中央作了题为《一定要把共青团办成活学活用毛泽东思想的学校》的报告。团中央第一书记胡耀邦在会议结束时讲了话。全会一致通过了《关于在全国青年中更好地开展学习毛主席著作运动的决议》。
在当时大力强调“突出政治”的社会氛围中，团的九届三中全会着重讨论了突出政治与青年工作的关系。会议认为：突出政治就是突出毛泽东思想。共青团一定要把活学活用毛泽东思想放在第一位。毛泽东思想是当代马克思列宁主义的顶峰，是最高最活的马克思列宁主义。毛泽东思想不仅是中国革命和建设的指针，而且是世界无产阶级和一切被压迫人民反对帝国主义、反对现代修正主义和一切反动派的强大思想武器，是解放全人类的伟大旗帜。有了毛泽东思想，中国革命就胜利，建设事业就兴旺。有了毛泽东思想，世界革命就能成功。对毛泽东思想采取什么态度，是真革命同假革命的试金石。活学活用毛主席著作，是我国青年革命化的必由之路。全团对毛泽东思想要无限信仰，无限崇拜，这就是信仰真理，崇拜革命。
会议要求：全团要认真学习和推广山东省临朐县李家庄团支部组织青年活学活用毛主席著作的经验，努力发现和培养自己的“李家庄”。共青团九届三中全会期间，胡耀邦对李家庄团支部书记尹兴方说：“你们那里有多少人读完了《毛选》1至4卷？”“能不能每人发一套《毛选》？试一试几年能读完，可先读4篇哲学（文章），再读4篇战争（文章），再读4篇整风（文章）。”4月23日，团中央在中国美术馆举办“李家庄团支部组织青年学习毛主席著作展览”。胡耀邦看了展览后对《中国青年报》的同志说：“对李家庄的经验，一篇报道不清楚，要分若干篇报道，一个礼拜报道不完，可分两个礼拜。”
针对意识形态领域的“文化大革命”，会议要求：“全团应当克服那种认为意识形态领域的斗争与己无关和无能为力的错误思想。要把广大团员和青年发动起来，参加这场社会主义的文化大革命。”5月9日，李家庄团支部给山东团省委写信，表达拥护“文化大革命”的决心。信中按照大批判的调子批判了“三家村”，最后表示：“团支部决心带领青年在社会主义文化大革命的斗争中，经风雨，见世面，学会两套本领：美帝国主义来了，我们就拿起枪杆和他们武斗；资产阶级从文化战线上向我们进攻，我们就拿起笔杆同他们文斗。”
5月31日，团中央发布决定：在六一国际儿童节，表扬一批少先队组织、“以团带队”的团支部和少先队辅导员。团中央的决定强调指出：“目前，全国正面临着一个社会主义文化大革命的高潮。这是在意识形态领域里的一场十分尖锐激烈的阶级斗争，是关系到我们党和国家的命运和前途的头等大事，也是关系到世界革命的一件头等大事。各地团的组织和辅导员，一定要高举毛泽东思想伟大红旗，积极投入这个伟大的革命运动，向反党反社会主义的黑线开火。”
在1966年4月到5月期间，团中央和全国其他系统一样，努力宣传对毛泽东的个人崇拜，引导青年积极学习毛泽东著作，积极参加对“三家村”的批判，对“文化大革命”持积极参与的态度。
组建“北京市中学文化大革命工作团”
1966年5月中共中央政治局扩大会议召开后，大中学校的秩序开始混乱，学校校长和一些教师被当作“黑帮”来批斗，不少学校的党委陷入瘫痪状态。6月3日，刘少奇紧急召集中共中央政治局常委扩大会议，研究“文化大革命”问题。会上讨论了准备向学校布置的“大字报要贴在校内”“游行不要上街”等八条要求。新改组的中共北京市委第一书记李雪峰最后提议：“有的学校领导瘫痪了，领导不起来，就派工作组进去领导。希望团中央、中组部组织人力帮助。”北京市委根据这次会议的精神，开始向各学校派出工作组。大学工作组成员由中央组织部从各部委抽调，中学工作组成员由团中央抽调。
中央政治局常委扩大会议结束当天，团中央就召开了书记处紧急会议，传达了政治局扩大会议的精神，成立了由3位书记组成的领导小组，抽调了60名干部和刚被改组的北京新市委一起，于6月3日晚至5日，派工作组进驻北京师大女附中、清华附中、北京四中等16所中学。6月7日至9日，团中央又从北京和全国各地抽调1800多名干部，组成了300多个工作组，陆续向北京市8个城区的中学派出。为便于对这些工作组的领导，6月7日团中央成立了“北京市中学文化大革命工作团”，团长和副团长分别由团中央书记处书记胡克实和惠庶昌担任。同时，在北京8个城区成立中学“文化大革命”工作队，由部分团中央书记处书记、常委或部长担任队长。
从6月9日到6月27日，胡克实多次传达中央的指示，指导派往各中学的工作组开展工作。面对学校的混乱局面，胡克实传达的指示有：试讲一下“二十三条”中的某些内容，在支持革命前提下如何划清界限。真正的左派是能够接受我们的政策的。一定要很好地教育提高左派，革命左派不仅要敢于同牛鬼蛇神作斗争，同时又最能够团结大多数。阶级阵营分清后，要恢复党团组织生活，在工作组领导下恢复必要的行政职权。对于假左派，要坚决揭露，他们实际上是想夺权。免不了有些混战的场面发生，这是几种原因造成的。有从敌人来的，有从假左派来的，有的是从幼稚的左派来的。凡是混战的地方，还是把假左派、真右派打退，才能向黑帮进攻。从这些指示可以看出，中央一线领导集体借鉴的是1957年反右派斗争的经验，从加强党的领导出发，力图把运动纳入有秩序的轨道，稳定局势。“北京市中学文化大革命工作团”坚决执行这些指示。
7月13日，刘少奇主持召开中共中央政治局常委扩大会议，听取共青团中央关于《北京市中学文化革命的初步规划》的汇报。团中央在汇报中认为，运动分两大阶段：第一阶段，放手发动群众，组织革命队伍，开展清政治、清经济、清组织、清思想的斗争。第二阶段，有计划、有步骤地进行教育和学制改革。第一阶段的工作可以通过三种办法（校内斗争、分批集训、区校结合进行活动）进行。团中央提出：在运动中，党团组织长期处于停顿和解体的状态是很不利的。工作组应当把整顿党团组织，恢复、健全和发挥党团组织的作用，作为一项重要的工作任务。要采用边斗争、边整顿、边提高的方针，使党组织成为这次运动中的领导力量，使团组织成为党的有力助手。在运动中，学生离开党团组织另外自发建立起来的一些左派组织，多数的在运动初期起过积极作用，但是长期下去后果不好，不利于巩固无产阶级专政和巩固党的绝对领导，应当用说服教育的办法，把他们的活动逐步统一到党团组织和文化革命委员会的活动里来。 刘少奇听取汇报后指出：我们的教育，是从资产阶级的教育沿袭下来的，所以，不能对所有具有资产阶级教育思想的人都批判，只是批判少数代表人物，大多数人从中受到教育，树立无产阶级的教育路线。建立、健全党团组织生活，恢复和发挥党支部的领导作用、团支部的助手作用。这应单列一条。不要把党、团组织放在一边，要在运动中观察党、团组织，看它能不能领导，同时也锻炼党、团组织。要明确地提出，把建立、整顿、健全党、团组织，恢复党支部的领导作用、团支部的助手作用，作为一条任务。清经济。政治清了，组织清了，思想也清了，趁这个机会把经济也清一下。刘少奇还提出：第一阶段的工作，初中在八九月底搞完，争取10月开学上课；高中在九十月搞完。
在派工作组问题上，团中央与中央一线领导集体是一致的，即都希望“文化大革命”有秩序地进行。因此，团中央在派工作组领导北京市中学的“文化大革命”时是比较得力的。7月22日，胡克实在政治局常委扩大会议上汇报说“已经走上正轨了”。
团中央被改组
1966年7月24日、25日，从南方回到北京不久的毛泽东连续召开会议批评工作组。28日，中共北京市委发出《关于撤销各大专学校工作组的决定》，文件中说这一决定“也适用于中等学校”。29日，北京市委在人民大会堂召开北京市大专院校和中等学校师生文化革命积极分子大会，正式宣布了撤销工作组的决定。当天晚上，石油学院附中等8所学校的红卫兵和学生，拥到团中央机关造反。次日下午，中央文革小组成员张春桥、王力、关锋、戚本禹等来到团中央机关，对在团中央机关造反的红卫兵表示支持。
8月1日，中共八届十一中全会在北京召开。当天下午，江青、陈伯达以中央文革小组的名义，与团中央书记处成员胡耀邦、胡克实、王照华、李淑铮等谈话。在谈话中，他们说：青年团成了老年团了，有好的青年你们看不见，只看见恭敬你们的、顺从你们的，头脑腐败。中共八届十一中全会召开期间，毛泽东仍然严厉批评工作组，同时也对团中央派工作组进驻学校的做法进行批评，认为这是镇压学生运动。
8月6日，康生在参加红卫兵组织的辩论会时说：“共青团有严重错误”，“团中央某些人不是站在无产阶级文化大革命方面，而是站在资产阶级镇压革命这一方面”。他还说，你们提出的“改组共青团”“这一要求是很正确的”，“红卫兵、红旗战斗小组应该成为我们改造共青团的主要骨干。过去团组织放松，我看有点像全民团，就是说，有的团组织阶级路线不明显”。
有了中央文革小组的表态，团中央实际上已经成为被公开批判的对象，处于瘫痪的状态。从8月12日下午开始，数千名造反派冲进团中央机关，高呼“改组团中央”“不改组团中央决不撤离”等口号，有些人还手持皮带、铁棍、匕首等凶器，见到团中央的主要领导人就围攻、抽打。
8月13日晚，北京市中学红卫兵和学生在工人体育场召开万人大会，中共中央政治局常委李富春在会上宣布：团中央书记处书记胡耀邦、胡克实、王伟、张德华、胡启立停职反省，改组共青团九届中央委员会书记处，成立临时书记处。散会后，立即有一批红卫兵拥到团中央机关连夜揪斗团中央书记处书记胡耀邦、胡克实等人。团中央机关大楼被一批批红卫兵和中学生占领，工作陷于停顿。
15日，在团中央机关礼堂正式召开了团中央系统工作人员大会，李富春在会上再次宣布了中央的决定：改组九届团中央书记处，成立临时书记处，其任务是负责总结团九大以来的工作，筹备召开团中央全会。李富春还说：改组团中央是各学校的革命学生的要求，团中央的几个主要负责同志在文化革命中有错误，错误主要有三条：第一，团中央的主要负责同志没有高举毛泽东思想伟大红旗。第二，无产阶级立场不坚定。第三，没有真正走群众路线。会后，李富春临走上车时还一再叮嘱团中央机关文革筹委会（成立于1966年8月12日）主任周宝兴说：你们要注意他们（指书记处成员）的安全，让他们退出一线好好反省，要保护他们，他们是同志嘛，有什么事情随时联系。
随着团中央书记处被改组，团中央机关工作人员也纷纷起来造反，表示支持红卫兵到团中央造反的行动。随即，团中央机关内的部分人成立了“团中央机关造反军团”，团中央机关的各工作部门也出现了名称五花八门的群众组织，并开始对团中央书记处书记和各部门负责人进行揪斗和批判。在一段时间里，胡耀邦、胡克实等团中央书记被关在办公大楼二层的一间房子里，只要来团中央机关看大字报和造反的人站满机关大院，就会有人喊口号，胡耀邦、胡克实等几位书记也就会被从房间里押出来，站到二楼的阳台上示众。这个示众的过程是，每个被示众的人自报姓名和家庭出身，自述自己的“罪行”，到场群众高呼口号，然后再把这些被示众的人押回室内。
共青团组织得以保存
团中央被改组后，出现了诸如“团中央已经修到了家”，共青团是“全民团”“生产团”“娱乐团”，要“彻底砸烂”的呼声。一时间，社会上出现了砸团徽、撕团旗、烧团章、解散团组织的混乱现象。改组后的团中央机关每天要接待成百上千的来访者，要回答有关共青团的各种问题。团中央机关文革筹委会将这些情况向李富春作了汇报。1966年8月23日，李富春作出明确指示：团徽、团旗、团的名称是在全国团的代表大会上通过的，是经中央批准的。各省、市团组织和工矿农村团委的工作照常进行，现在仍要按团章办事，不是取消团章。1966年9月10日，周恩来在首都大中学校红卫兵代表第二次座谈会上讲话时指出：共青团中央是揪出了一些犯错误的同志，但是不能说所有的共青团领导都烂了，不能因此解散共青团组织，不能说2000多万共青团员都烂掉了。多数团员还是好的或比较好的。
1967年初，团中央临时书记处被“团中央机关革命造反军团”夺权。李富春出席夺权大会时谈道：团中央“文化大革命”的领导权，造反派接收过来以后，这只是一个开始，还有许多工作要做。团中央的日常业务、行政工作、财政工作、对外联络工作，还有各级团委的请示、解答问题，这些都由你们来做。2月14日，李富春跟“团中央机关革命造反军团”联系人谈话时说：共青团的前途中央没有定，一个方案是红卫兵代替青年团，一个方案是红卫兵加入青年团。青年团不只是学生，工人有青年团，农民有青年团，解放军有青年团，他们不一定建立红卫兵。中央还没有下决心，看工厂运动的发展，看农村运动的发展，看解放军运动的发展。3月25日，李富春对“团中央机关革命造反军团”重申了上述意见。言下之意，就是共青团组织继续存在，夺权后的团中央继续领导全国共青团的工作。 尽管如此，共青团前途未定的说法还是使团组织处于混乱状态，特别是“文化大革命”中成立的红卫兵组织势力强大，有取共青团而代之的趋势。1967年11月27日，中共中央、中央文革小组发出《关于征询召开“九大”的意见的通报》，提到“不少同志很关心共青团的问题，希望‘九大’就此作出决定”。
12月8日至21日，全国部分省、市、自治区“摧旧团联络站”座谈会在西安地质学院召开，12个省、市及西安、宝鸡、咸阳等29个地市40多个单位的97人参加了会议。会上交流了所谓“摧旧团”的经验，讨论了“红卫兵代替共青团”“红小兵代替少先队”的问题，印发了《共青团向何处去？———关于红卫兵和共青团的关系及前途问题的调查报告》，通过了《会议纪要》，诬蔑“十几年来，团的工作贯彻了一条又长又粗的修正主义路线”，“必须彻底砸烂”。“摧旧团座谈会”结束后，组成7人“赴京汇报团”。
12月16日，政治上已经失势的戚本禹在谢富治的陪同下与北京部分大中学校的代表座谈整顿红卫兵和共青团的问题。戚本禹总结了讨论中的四种意见：一、共青团和红卫兵同时存在。二、取消共青团由红卫兵代替。三、用共青团取代红卫兵。四、学校用红卫兵，部队、农村用共青团。谢富治说：“红卫兵、共青团怎么整顿，由全国人民讨论，最后由我们伟大领袖毛主席决定。”
《人民日报》、《红旗》杂志、《解放军报》在1968年的元旦社论中提出要整顿党组织，同时提出“共青团、红卫兵、各革命群众组织，都应当从思想上、组织上进行整顿，提高觉悟，纯洁队伍，肯定成绩，克服缺点，加强无产阶级党性，打倒资产阶级、小资产阶级派性”。这里把共青团与红卫兵和其他群众组织并列，说明中央并没有取消共青团的想法。
1969年4月1日至24日，中共九大在北京举行。28日，毛泽东在中共九届一中全会上说：“还有一个团支部，整团的问题，也提出来了。”有了毛泽东的讲话，取消团组织的论调逐渐消失。共青团虽然在“左”的路线下进行整顿，造成了许多混乱，但团组织毕竟被保留下来了。
在毛泽东批评工作组之前，团中央一方面组织青年学习毛泽东著作，参与文化批判；另一方面则努力把运动置于党的领导下，试图使运动有秩序地开展。团中央在这些工作中表现得十分积极，正是党多年教育和领导的结果。应该说，团中央的工作也存在许多“左”的、片面的做法，这是由当时党的路线决定的。团中央的命运，与其他许多部委机关类似，都是以毛泽东对工作组的严厉批评为转折点的，由主动转为被动，进而被打倒。工作组被撤销后，团中央成为造反的对象，工作基本陷入瘫痪状态。
“文化大革命”中，中央文革小组从“左”的方面对团中央进行批判，恰恰从反面证明团中央坚决执行了党多年来一以贯之的领导，是与极左路线相对抗的。虽然团中央经历了被改组、被夺权的磨难，但毛泽东只是谈到要整顿共青团，一直没有表示要取消共青团，因而共青团组织在“文化大革命”中得以一直存在。