基于高通量测序的凡纳滨对虾的转录组分析

来源 :基因组学与应用生物学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:wap1012min2
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凡纳滨对虾是世界养殖最广泛的甲壳动物,但是目前凡纳滨对虾的基因组及转录组数据还比较缺乏。为了获得凡纳滨对虾的转录组信息,本研究应用454高通量测序技术对凡纳滨对虾肝胰腺的转录组进行测序。获得了500177条凡纳滨对虾EST,平均长度363bp。拼接获得了20225条unigene,长度范围50~8980bp,平均长度507bp。所有unigene与NCBI的非冗余蛋白质数据库(Nr)进行相似搜索(E值<10-5),结果一共有13676条unigene(68%)与数据库中的已知基因同源。此外,还对unigene进行了GO、COG和KEGG的功能注释、分类或通路分析。我们通过高通量测序,获得了丰富的凡纳滨对虾转录组信息,为凡纳滨对虾的新基因克隆和基因组学研究提供了有价值的数据。
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