深圳市南山区科技创业服务中心注入“孵化资金”帮助在孵企业实现梦想，6年内科技孵化资金总额度近3000万元，另有风险资金2000万元。至2004年年底，累计完成投资1660万元，共投资科技创业企业17个。截止2006年5月底，已经实现回收资金总计746.2万元，经测算，到全部孵化资金回收期限到期（不包括4家目前经营困难的企业），累计可以回收资金计1500万元左右，另计银波达公司股权权益323万元，合计1823万元，可以实现孵化资金投资的总体平衡，并略有盈利，达到“重在扶持，不求利润，保持平衡”的营运要求。
　　2000年5月，为了扶持在孵中小型科技企业的发展，建立科技创新体制，培育新的经济增长点，南山区科技创业服务中心在深圳市率先设立了科技孵化专项资金。该孵化资金作为股权投资行为，对每个科技创业企业或项目限额投资100万元以内，所以又称“种子资金”，通过“种子”的作用实现股权介入、股东结构调整、团队建设、咨询服务、完善管理、融资贷款及市场开拓，开展科技创业企业的孵化培育。
　　
　　“孵化资金”浇灌企业
　　截至2005年年底，南山区孵化资金投资的17家企业累计纳税4883万元，并呈现逐年快速增长态势，与孵化资金直接投入1560万元相比，培育创业企业、涵养税源的目标初步实现。孵化资金投资企业直接新增就业500人左右（80%为大专院校毕业），间接吸引投融资机构成交8840万元左右，5年内新增专利申请29件，软件著作10件，其中发明专利两件。企业竞争力大大提升，共有7家企业的销售收入和行业地位进入全国同行业前5名，4家企业的核心技术处于国际或国内领先水平，
　　孵化资金的引导、示范和推动作用明显：宏观上，优化了产业结构、扶持发展了优势产业、朝阳产业，体现了政府发展高新技术产业的力度；微观上，企业的销售额、利税大幅增长，产品开发速度大大加快了，公司的管理也逐步规范了。孵化资金已经与诸如软银亚洲基金、国成科技投资公司、广东科技风险投资、深圳“高新投”等创投机构签约或约定战略联盟关系，向他们输送孵化资金投资企业或重点关注企业。除此之外，还吸引了一批民营及私人投资者的跟踪和关注。
　　5年多来，南山区创业服务中心考察项目200多家，重点跟踪的企业数超过50家。很多企业同时被几家投资商关注，但是，这些企业仍然优先选择孵化资金，对孵化资金表现出很强的认同性。孵化资金的运作已经成为南山创业中心的一个特色，一个亮点，是区域投融资氛围改善的一个标志。
　　
　　孵化资金营运的问题及建议
　　南山创业中心孵化资金的运作对于改善创业环境、营造区域投融资氛围、培育创业人才发挥了巨大作用，其引导和示范效应有可能远大于其实际经济效益。但由于孵化资金的性质决定其投资初创企业，难免发生“孵不出、长不大”的情况。毫无疑问，孵化资金投资比商业性风险投资承担了更大风险，而政府承担这类风险，却是最有价值的。
　　为进一步提升孵化资金的作用和运营效益，南山创业中心提出下列建议和尝试：
　　修改孵化资金管理办法关于“孵化资金投入三年后退出”的规定。对于分红情况很好或前景特别看好的企业可以甄别情况，灵活掌握退出时机。
　　建立孵化和风险资金的联动机制，建议修改孵化资金及风险投资管理办法，赋予资金管理更大的灵活性：孵化资金和风险资金合并为“创新投资资金”，维持现有资金的管理方式，资金使用宗旨不变；允许通过风险资金的追加投资（指孵化资金已投资企业）等一系列商业化运作获取最大收益，以弥补孵化资金可能的政策性亏损。