目的:实证分析陕西省单病种定额付费改革的实施效果。方法:选择陕西省镇安和旬邑两县作为研究对象。资料主要包括两县2008—2011年的新农合报表;同时对两县164名县级医院医务人员进行调查,了解他们对单病种定额付费的认知。定性资料主要采用焦点组访谈和个人深入访谈的方法,共访谈32人。利用SPSS13.0和EXCEL2007等软件进行数据分析。结果:单病种定额付费改革后医疗机构次均住院费用增速减缓,对医疗服务质量的影响尚不确定,对医务人员的满意度产生一定影响,提高了参合农民住院医疗服务的可及性,有助于引导患者合理就医,促进卫生资源有效利用;实施单病种定额付费患者的疾病负担缓解程度更加明显,也有助于降低新农合基金的风险。建议:科学制定支付标准,为顺利实施单病种定额付费改革奠定基础;建立健全针对供方的有效激励约束机制;加强单病种定额付费对医疗服务质量影响的研究和对定点医疗机构的监管。