传统观点只强调国有企业本身的生产效率损失,而忽略了创新效率损失。很多经验研究虽然证明了技术创新才是影响企业效率的主要因素,但是实证检验很少,因此,本文针对国有企业的创新效率进行系统的实证分析。运用基于DEA的Malmquist指数方法,对5大类高新技术行业2000—2011年国有企业与民营企业技术创新的相关数据,以民营企业为参照对象,对国有企业的创新效率进行分解、评价和测试。研究结果发现,在分行业比较中,发现除航空航天器制造业外,其余四个行业的国有企业创新效率都明显低于民营企业。航空航天器制造业数据可比性较差,可能与该行业基本全部由国有企业经营有关;在全部行业总体效率比较中,发现国有企业的创新效率普遍低于民营企业,剔除航空航天器制造业数据后,两者之间差距更加明显。总之,与民营企业相比,国有企业确实存在不容忽视的创新效率损失。进一步分析发现寻租是导致国有企业创新效率低下的主要原因,并指出可以从遏制国有企业寻租活动、增加市场竞争程度和激发企业家的创新才能三个方面出发,提高国有企业创新效率。