【摘 要】
：
TALE (three-amino acid loop extension)转录因子在植物生长发育及细胞分化过程中起重要作用.在多种植物中均已鉴定出TALE转录因子的家族成员,但是萝卜TALE转录因子家族的研究鲜有报道.文中通过生物信息学手段在象牙白萝卜全基因组中鉴定出了分布于9条染色体上的33个TALE家族基因.研究结果显示,该家族中除与拟南芥KNATM同源的基因Rsa10037940外,其余基因均含有编码HOX保守结构域的序列.这些基因含有4-6个外显子.萝卜的33个TALE基因与拟南芥中的17个同源
【机 构】
：
中国农业科学院蔬菜花卉研究所农业农村部园艺作物生物学与种质创制综合重点实验室农业农村部蔬菜作物基因资源与种质创制北京科学观测实验站,北京100081
论文部分内容阅读
TALE (three-amino acid loop extension)转录因子在植物生长发育及细胞分化过程中起重要作用.在多种植物中均已鉴定出TALE转录因子的家族成员,但是萝卜TALE转录因子家族的研究鲜有报道.文中通过生物信息学手段在象牙白萝卜全基因组中鉴定出了分布于9条染色体上的33个TALE家族基因.研究结果显示,该家族中除与拟南芥KNATM同源的基因Rsa10037940外,其余基因均含有编码HOX保守结构域的序列.这些基因含有4-6个外显子.萝卜的33个TALE基因与拟南芥中的17个同源基因存在共线性关系.33个TALE基因启动子区的顺式元件中包含大量逆境响应元件.表达特性分析显示,该基因家族BELL亚家族内有4个基因在根内表达量较高,KNOX亚家族内有2个基因在薹和愈伤中表达量较高.该家族不同亚型成员之间的蛋白3D结构高度相似.编码蛋白均为弱酸、有亲水性.萝卜TALE基因家族在进化上较为保守,分化上与拟南芥存在一致性,与水稻差异较大.本研究为开展萝卜中TALE转录因子的生物学功能研究提供了重要参考.
其他文献
艰难梭菌是一种重要的人兽共患肠道病原菌,广泛存在于人和多种动物体内.ST11型艰难梭菌是国际上流行最广泛、危害最大的亚型之一.我国作为养猪业大国,猪源艰难梭菌的检测方法欠缺,给猪场艰难梭菌的防控留下隐患.本研究旨在建立一种特异、敏感的双抗体夹心ELISA,为猪源ST11型艰难梭菌流行病学调查提供血清学检测方法.首先采用原核表达并纯化出97 kDa的受体结合域(receptor binding domain,RBD)蛋白,并利用杂交瘤技术成功筛选出能稳定分泌针对RBD蛋白的单克隆抗体杂交瘤细胞AE2D3,经
随着森林木材资源的减少,废纸回收利用越来越受到人们的重视.然而,废纸回收利用过程中产生的胶黏物会对再生纸的生产造成严重影响.生物法控制胶黏物主要是通过酶断裂胶黏物组分之间的酯键,防止胶黏物的絮凝,具有高效、专一、无污染等优势.角质酶是一种丝氨酸酯酶,可降解胶黏物中的部分成分.相关研究表明,锚定肽tachystatin A2 (TA2)具有结合聚氨酯的能力.本研究选取特异性腐质霉Humicola insolens来源的角质酶HiC,通过大引物全质粒扩增法成功构建了融合蛋白HiC-TA2,并研究了酶学性质以及
随着全球经济的发展,聚对苯二甲酸乙二醇酯(PET)塑料的生产量大幅提高,其废弃总量也逐年递增.废弃PET处理方法主要包括填埋、焚烧及生物降解等.填埋和焚烧均会造成二次污染,而生物降解因其环境友好特性逐渐成为研究热点.相关研究表明,碳水化合物结合模块(carbohydrate binding module,CBM)可以有效增强PET降解酶对PET的吸附,从而增加降解速率.通过大引物PCR (megaprimer PCR of whole plasmids,MEGAWHOP)技术,将炭疽杆菌(Bacillus
热激转录因子(Hsf)是植物中最重要的转录因子家族之一,在植物遭遇热、干旱和重金属等多种非生物胁迫中具有重要的作用.为明确紫鸭跖草Hsf基因家族的结构及功能,从紫鸭跖草全长转录组数据库筛选鉴定出20个SpbHsf基因,并运用生物信息学工具和qRT-PCR进行分析.结果 显示:SpbHsf蛋白均为亲水性蛋白,定位于细胞核的SpbHsf蛋白有12个,所有SpbHsf蛋白二级结构的α螺旋和无规卷曲的含量较高.SpbHsf基因分为3个亚族,各亚族都包含独特的保守基序.全部SpbHsf蛋白含有DBD和HR-A/B结
细胞色素c是一类在生物体内广泛存在的血红素蛋白,由亚铁血红素和细胞色素c前体组成,在生物电子学、生物医药以及污染物降解等领域具有很大的潜在应用价值.然而,细胞色素c很难通过异源表达而大量获取.对于未培养厌氧甲烷氧化古菌来源的细胞色素c (CytC4),目前尚无成功表达和功能研究.本研究首先通过在CytC4的N端分别引入组氨酸标签和凝血酶位点,同时过量表达可帮助细胞色素c分子成熟的CcmABCDEFGH,成功在大肠杆菌中异源表达了CytC4.接下来又以含有细胞色素c分子成熟系统的奥奈达希瓦氏菌为表达宿主,提
为研究桃果实漆酶(PpLAC)基因家族成员的功能,利用生物信息分析方法对桃果实LAC基因成员进行鉴定,分析不同品种桃果实低温贮藏和外源γ-氨基丁酸(γ-aminobutyric acid,GABA)处理下的表达模式及其与冷害褐变的关系,为桃果实抗冷害褐变机制提供理论依据.研究从桃果实基因组筛选了26个漆酶基因,这些漆酶基因分布于6条染色体上,含有5-7个外显子,基因结构和保守基序较为相似.根据聚类分析结果将桃果实PpLAC基因家族成员分为7个亚族.通过良方水蜜桃、湖景水蜜桃以及外源GABA处理组的转录组测
培育耐盐碱水稻品种是应对全球人口日益增长的重要途径之一.文中以21份耐盐碱性不同的水稻品种(系)为材料,在芽期和苗期设置6个不同盐碱浓度处理,测定了发芽势、发芽率、芽长、根长、根数、芽鲜重和苗鲜总重等指标,以各指标盐害率的平均值作为耐盐碱性的综合评价标准.结果 表明随着盐碱浓度的提升,对种子萌发和生长的抑制越明显.在1％ NaCl加0.25％NaHCO3溶液处理下,发芽率盐害率变异最大,为0％-89.80％.在所有浓度处理下,各性状指标的盐害率都具有相似的变化趋势.筛选到4份综合耐盐碱能力强(大酒谷、日本
为探究花色苷合成相关转录因子MYB10在不同颜色穗醋栗果实着色差异的分子机理,通过cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)法从果实花青素含量有较大差异的黑穗醋栗(Ribes nigrum L.)、红穗醋栗(Ribes rubrum L.)和白穗醋栗(Ribes album L.)中分别克隆出MYB10基因,分别命名为RnMYB10 (KY786107)、RrMYB1D(KY786108)和RaMYB10(MW660848).系统发育分析表明,R
作为一种非必需元素,重金属镉(cadmium,Cd)的污染对植物、环境乃至人类健康具有严重影响.利用绿化苗木移栽修复Cd污染土壤具有广阔的应用前景.为了明确丛枝菌根真菌(arbuscular mycorrhizal fungi,AMF)对红叶石楠(Photinifraseri frase) Cd吸收的促进作用,本研究利用盆栽试验比较了接种扭形伞房球囊霉(Sieverdingia tortuosa)和摩西斗管囊霉(Funneliformis mosseae)后红叶石楠的生长和Cd吸收差异,并利用转录组和微生
乌龙茶是一种高香型半发酵茶,因其具有的花果香和鲜醇浓厚口感而广受消费者青睐.在鸟龙茶加工过程中,萎凋是促进乌龙茶风味品质形成的第一道工序.然而,乌龙茶萎凋过程中影响风味品质形成的分子机制尚不明确.利用转录组测序对乌龙茶鲜叶、室内萎凋叶和日光萎凋叶进行分析.结果 表明,从3个样品中共鉴定出10793个差异表达基因.KEGG富集分析显示,差异表达基因主要富集在类黄酮合成、萜类化合物合成、植物激素信号转导和剪接体通路.从这4个富集通路中筛选出12个差异表达基因和4个差异剪接基因进行荧光定量PCR分析,结果表明,