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目的
为了解我国北京地区呼吸道合胞病毒(Respiratory Syncytial Virus RSV)融合蛋白F基因特征及抗原位点变异情况,本研究对61株RSV分离毒株F蛋白主要抗原位点区进行了基因序列分析。
方法应用RT-PCR方法分段扩增获得F蛋白主要抗原位点区基因,并对产物进行序列测定及拼接。序列比对分析,构建系统发育树,进行亲缘关系分析。
结果61株RSV分离株中,A亚型为43株,B亚型为18株。A、B亚型内核苷酸(氨基酸)同源性较高,分别为95.9%~100%(98.3%~100%)及97.5%~100%(98.7%~100%),亚型间为83.2%~84.9%(93.1%~95.1%)。基于F蛋白主要抗原位点区基因亲缘进化分析,所有分离株可分为两个主要亚群,分别对应A/B亚型;两个亚群又可分别分成6个及3个不同的进化分支。两个亚群中分别存在7个及4个氨基酸位点突变,其中抗原位点∅存在209位从Q到K及211位从S到N的变异,帕利珠单抗作用的抗原位点Ⅱ存在276位从N到S的位点突变,其余突变均位于非抗原位点决定区。
结论北京地区RSV流行株与原型株相比,F蛋白存在一定的变异,但仍具有较高的核苷酸及氨基酸同源性;各抗原位点区氨基酸保守,为疫苗及相关药物研究的重要候选蛋白。