周恩来与黄琪翔相识很早，相交很深，但黄琪翔在政治思想上受到周恩来的影响，则是从抗日战争时期开始的。
　　1937年8月，周恩来、朱德、叶剑英由延安来到南京和国民党政府商讨团结抗战事宜。此间，黄琪翔与周恩来、朱德、叶剑英等经常来往，就联合抗战、扩大抗日民族统一战线的问题交换意见。黄琪翔受到周恩来的很大鼓励。他完全同意周恩来等提出的抗日救亡主张，表示愿为此尽到自己的责任。一次，周恩来、朱德、叶剑英等相约来到黄琪翔寓所，黄即约了国民党的张群一起来商谈国共合作大事，并在一起吃了饭，然后合影留念。这张珍贵的照片是第二次国共合作的一个历史见证，现在悬挂在北京中国人民抗日战争纪念馆。
　　为了适应当时抗战的形势，1938年春，国民政府改组了军事委员会，成立了政治部，以陈诚为部长，周恩来与黄琪翔为副部长，郭沫若为该部第三厅厅长，并邀请了许多爱国人士担任设计委员。当时黄琪翔每天都去政治部上班，他对周恩来非常尊重，私人感情很好，他与任政治部设计委员的共产党人士和爱国民主人士也都相处得很好，工作上也给予方便。黄琪翔指示当时任总务厅出纳科员的黄心维同志，每月一定要把周副部长和邓颖超委员等共产党领导人的工资登门送去。
　　这年春末，武汉大学已迁往四川，剩下的武昌洛珈山教授宿舍空着，主管部门腾出其中的三套房子，让周恩来、黄琪翔、郭沫若三家人居住，这样，他们不仅是同事，而且是芳邻，更便于往来。黄琪翔力图与周恩来密切合作，扩大团结抗战的影响。还经常和大革命时期的老友叶剑英、叶挺、郭沫若来往，对时局交换意见。一天，叶挺在武汉特地给周恩来和黄琪翔拍摄了一张照片。这张珍贵的照片如今陈列在周恩来纪念馆和黄琪翔纪念馆里，让参观者知晓周恩来与黄琪翔交往的情谊。
　　有一次，湖北咸宁政府要抓捕一位在境内从事民众工作的中共党员，公文送到后，张厉生批示：“拟饬命严办。”因陈诚不在，秘书处作为例行公事，呈送给黄琪翔，黄琪翔当即给周恩来看了。他们认为“这是违反国共合作原则的”，给予了严厉的批驳。
　　由于黄琪翔受到周恩来的影响，坚持团结抗战的主张，做了一些有利于扩大抗日民族统一战线的事情，抵制了国民党反动势力对共产党活动的限制和反对，就被不容于国民党反动派，被认为是“袒护共产党”，一些主持公道的言论也被认为是“发牢骚”。于是在1938年8月间黄琪翔被调任为军训部次长，离开武汉前往桂林就职，也就离开了周恩来等中共领导同志。
　　以后，黄琪翔曾任过第十一集团军总司令、第六战区副司令长官、远征军副司令长官等职，转战各个战场，同周恩来的接触少了。直到抗战胜利后，于1946年3月17日，在重庆的各民主党派领袖和各界人士集会欢迎新近到重庆的李济深、李宗仁、田汉和刚从监狱中释放出来的叶挺和廖承志时，黄琪翔与周恩来才又见了面。参加这次集会的有周恩来、邓颖超、张澜、冯玉祥、沈钧儒、董必武、王若飞、秦邦宪、谭平山、黄琪翔等400余人。大家频频举杯，为民主奋斗的战士祝福，共庆抗战的胜利。
　　但是，1946年10月11日国民党军队悍然侵占张家口，并且不顾中国共产党、各民主党派和全国人民的坚决反对和抵制，擅自决定于是年11月15日在南京召开“国民大会”。至此，国共谈判的大门已被关闭，内战已经不可避免。以周恩来为首的中共谈判代表团决定撤回延安。
　　周恩来于1947年初在离开上海回延安前，在靖江路的黄琪翔寓所举行过一次聚会，和各方面的进步人士话别。聚会邀请了几十位客人，其中有张澜、沈钧儒、章伯钧、黄炎培等。
　　1948年底，黄琪翔化装潜往香港，积极从事迎接全国解放和筹备召开新政协的活动。
　　1949年8月间，中共方面通知黄琪翔到北平去。黄琪翔兴奋地接受了通知，辗转到了北平，并以特邀代表身份出席了中国人民政治协商会议。
　　民主革命取得胜利后，黄琪翔在北平见到了周恩来。周恩来向他表示欢迎，慰勉有加。
　　建国后，党和国家给予黄琪翔很高的政治待遇和生活待遇，周总理在国事繁忙中经常关心他，请他参加各种活动，到外地参观避暑、避寒，使他感到十分温暖和快乐。
　　1950年中南军政委员会成立，黄琪翔被任命为委员兼司法部部长。黄琪翔在赴武汉就任前，周总理特意请他吃了饭。
　　嗣后，黄琪翔就经常往来于北京、武汉之间。1954年大区撤销后，黄琪翔调回北京。是年9月召开第一届全国人民代表大会，黄琪翔被选为人大代表参加会议。在第一次会议中，黄琪翔被选为中华人民共和国国防委员会委员和法案委员会委员，会后并被任命为国家体育运动委员会副主任。
　　在这个时期，黄琪翔与周总理见面的机会多了。周总理有时约他去北京饭店参加晚会，晚会时，总理常常问农工党的情况和黄琪翔的工作以及生活情况。周总理对黄琪翔在政治上、工作上、生活上的关心和照顾是那样周到、热情，他们之间的革命情谊，令人永世难忘。
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