据《中国青年报》报道，全国292所独立学院中201所举办者有房地产及各类投资企业背景，约占独立学院总数的68.8%，企业往往用投资的理念去办学，有些独立学院投资方不问青红皂白，每年9月底学生报到以后先把钱抽掉百分之多少作为惯例。
　　作为中国高等教育办学体制改革的产物，独立学院由实施本科以上学历教育的普通高校与国家机构以外的社会组织或者个人合作，利用非国家财政性经费举办，自上世纪90年代在江浙一带创办以来，已走过十多年的历程。独立学院的蓬勃发展，为缓解国家财政压力、满足人民群众多样化教育需求、培养经济社会所需的应用型人才、促进高等教育大众化做出了重要贡献。但是，独立学院在快速发展的同时，也出现了诸多问题。特别是一些企业投资创办的独立学院具有较强的营利目的，通过各种手段从办学中营利，导致独立学院办学质量不高、专业设置缺乏特色、内部管理失衡、招生管理混乱等，社会各界对独立学院的公益性越来越关注。
　　现实中，不少独立学院通过多种途径做到了收入高于支出，办学有结余。多数独立学院为节约成本，都开设短线专业、文科专业，而实验实训条件要求高、需要较大投入的理工类学科专业则不多。大量聘请母体高校教师、退休教师以及低水平兼职教师，节省了大量人员性开支。一些出资人考虑到本科教育市场需求较大，为缩短投资周期，往往选择扩大招生规模，甚至在招生中出现欺诈行为或模糊信息宣传。
　　《民办教育促进法》規定：“民办学校在扣除办学成本、预留发展基金以及按照国家有关规定提取其它的必需的费用后，出资人可以从办学结余中取得合理回报。取得合理回报的具体办法由国务院规定。”这成为激励举办者投资独立学院的关键性政策，实际上也默认了投资者可以从办学中获得回报。但是，合理回报的实施细则、税收、会计制度等配套政策一直迟迟未出台，使得合理回报实质上成为一纸空文。投资方担心贴上营利性标签，因此没有一所独立学院选择要合理回报，但实际上出资人回避回报问题，都不是不要回报，而是打着“不营利”的招牌行“获取暴利”之实。那么，究竟该如何看待独立学院营利现象？我国独立学院既不同于中外传统意义上捐资举办的私立大学，又不同于大多数“以学养学”滚动发展起来的民办高校，还有别于上世纪90年代美国兴起的完全追求利润最大化的营利性大学。目前，对于独立学院营利现象，无论在理论上还是在制度安排上都缺乏应有的理论和制度准备。对此，必须高度重视，寻求独立学院健康发展的良策。
　　独立学院营利行为是伴随高等教育产业化、民间资本投资教育出现的一种新现象，是在缺乏投资办学法律保护下的一种自发实践，其具有一定的必然性、合理性，同时对于现行政策又有一定的突破性、违规性。对此，应该辩证看待。一方面，独立学院引入营利机制，让投资者获得适当的回报，能够吸引民间资本进入教育领域，促进民办高等教育快速发展，完成独立学院原始资本积累，扩充了高等教育资源；另一方面，由于政策不健全，不少投资者迫于社会舆论的压力，想要而不敢公开要回报，只能通过“暗箱操作”来取得利益，甚至谋取暴利，最终影响受教育者的利益。失控的逐利性会掩盖教育的公益性，完全抑制资本的逐利性又会降低吸引力。其实，公益性与营利性不是相互对立、互不相容的。当前，在国家财政投入不能满足高等教育需求的背景下，政府支持投资举办独立学院，使投资者在提供教育服务的同时，取得相应的回报，不仅是必要的，而且是合情合理的。因此，应该承认并允许独立学院适当营利，并且将营利行为透明化、规范化、制度化，但要反对将营利作为终极目标，避免过度营利。只有开通渠道，明确独立学院营利路径，让投资方不必说假话、做假账就可以光明正大获取合理回报，投资方才能免除后顾之忧，全心全意投资办学，才不会出现营利乱象。
　　《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010-2020年）》提出，“积极探索营利性和非营利性民办学校分类管理”，当前，分类管理是破解独立学院营利行为困局的治本之策。鉴于我国独立学院投资者绝大部分都希望获得回报的既定事实，在探索分类管理时，宜尊重历史，审时度势，循序渐进，先试点再推广。一方面，积极支持部分由母体高校、地方政府或民营企业创办的独立学院向非营利性独立学院发展；另一方面，鼓励引导民营企业、教育集团、私人投资型独立学院选择营利性定位。此类独立学院产权归属于投资者，举办人有权进行校产转移、利润分配，在工商部门注册，照章纳税。考虑到独立学院投资方选择营利性的积极性不高，政府应给予营利性独立学院一定扶持，采取国家扶持民营企业发展初期的类似优惠政策，减少硬件要求，减低准入门槛，改革评估办法。