对蛋白组学中的二维电泳和iTRAQ两种技术进行比较研究,为神经科学的蛋白组学研究提供选择参考。取生后1～3d C57Bl/6小鼠背根神经节进行培养,对照组加DMSO,实验组加JNJ460。分别用二维电泳和iTRAQ两种技术检测背根神经节细胞蛋白的变化,用4700 TOF/TOF串联飞行质谱仪检测变化蛋白的肽片段质量,用GPS软件检索Mascot蛋白质数据库,鉴定出匹配的蛋白。利用二维电泳技术观察到4种表达上调的蛋白,2种是结构蛋白,2种是信号转导蛋白。利用iTRAQ技术观察到22种表达上调的蛋白,其中10种是结构蛋白,3种是信号蛋白,2种是代谢蛋白,2种是降解蛋白化,2种是细胞基质蛋白及3种其它蛋白。利用二维电泳技术观察到发生表达变化的蛋白都位于胞浆内,而利用iTRAQ技术观察到的表达变化的蛋白有胞浆蛋白外,还有线粒体蛋白、膜蛋白和核蛋白。同时,利用二维电泳技术观察到的蛋白变化都在2倍以上,而利用iTRAQ技术计算出的蛋白变化在1.3至1.6倍之间。另,iTRAQ技术在鉴定大分子和小分子蛋白方面也有优势。结果表明iTRAQ技术比二维电泳技术能发现更多数量和更多种类的蛋白,但在比较胞浆蛋白的变化及蛋白量的变化方面二维电泳技术有一定的长处,对iTRAQ的实验结果有互补作用。