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在线检测系统常用于数控加工零件后的精度检测,检测过程必然存在检测误差。但是在经典的误差理论中,由于被测量自身定义和测量手段的不完善,使得真值不可知,造成严格意义上的测量误差不可求。针对这一问题,提出一种基于Bootstrap方法的在线检测系统不确定度A类评定方法。实验结果表明,经过误差补偿后的在线检测系统,其检测精度和标准不确定度有了较大幅度的改善。