【摘 要】
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目的 通过加权基因共表达网络分析(weighted gene coexpression network analysis,WGCNA)方法找到与乳腺癌骨转移相关的关键基因,为寻找新的靶向治疗药物提供理论支持.方法
【机 构】
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广安市人民医院烧伤整形美容甲状腺乳腺外科 四川广安638001;四川大学华西医院乳腺外科 成都610041
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目的 通过加权基因共表达网络分析(weighted gene coexpression network analysis,WGCNA)方法找到与乳腺癌骨转移相关的关键基因,为寻找新的靶向治疗药物提供理论支持.方法 从基因表达综合数据库下载GSE2034数据集中共286例乳腺癌患者的基本临床特征及肿瘤标本基因表达的信息.通过R软件实现基因芯片的分析.采用R软件中植入的WGCNA包用于加权相关网络分析中的各种统计分析.采用SPSS软件进行单因素Cox比例风险回归分析.结果 通过WGCNA方法选取了方差变异度最大的前5 000个基因做进一步的基因富集分析,最终共构建了15个基因共表达模块,其中magenta模块与乳腺癌骨转移呈正相关关系(r=0.94,P＜0.001).进一步分析发现,magenta模块中与乳腺癌骨转移高度相关的6个关键基因为:Ral GTPase激活蛋白亚单位α-1 (RALGAPA1)、B细胞抗原受体复合物相关蛋白α链(CD79A)、人免疫球蛋白kappa链(IGKC)、抑制蛋白β2 (ARRB2)、FDCP 6同源异构体(DEF6)和人免疫球蛋白lambda链(IGLV2).结论 RALGAPA1、CD79A、IGKC、ARRB2、DEF6和IGLV2可能在乳腺癌骨转移中起到重要作用.
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