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比较实验证明乙脑减毒活疫苗与灭活疫苗的免疫机制有所不同。在疫苗免疫后的1,3,6个月的不同时间内，小鼠血清中和抗体皆在∠1:5之间，但对攻击的保护力明显不同。活苗组存活率为87.5%～100%，灭活苗组为33%～60%；被动转输免疫脾细胞和免疫血清，活苗组小鼠的保护力为50%、80%；灭活苗为10%～33%。小鼠经环磷酰胺处理后进行免疫，攻击后存活率也明显不同，活苗组为56%～80%，灭活苗组为10%～20%。