菰属(Zizania latifolia(Griseb.)Trucz.)为禾本科水稻近缘属之一,携带水稻育种所需的多种优良性状基因。采用本项目前期筛选出来的19对水稻SSR标记,对我国西南地区4省市25个野生菰居群进行了遗传多样性及遗传结构分析。POPGEN32软件分析显示,19对SSR标记扩增谱带的多态性条带百分比为100%;在物种水平上,西南地区野生菰等位基因数和有效等位基因数分别为2和1.608,Nei’s基因多样性指数和Shannon’s多样性信息指数分别为0.349和0.517;25个野生菰居群间的遗传相似性系数为0.603 6~0.937 2,遗传距离介于0.064 8~0.504 8。NTsys2.10e聚类分析结果显示,阈值在0.196时,25个居群聚被分成10组;阈值为0.238时,第Ⅰ组可再聚分为4个亚组。居群间平均基因流为Nm=0.788。AMOVA分析结果显示,西南地区野生菰88.87%的变异存在于居群内部,11.13%的变异存在于居群间。研究结果表明,西南地区野生菰资源有着丰富的遗传多样性,遗传漂变在西南地区野生菰植物的遗传分化中起到了一定的作用,各居群的聚类结果与地理分布无明显相关性。推测选择压力可能在西南地区野生菰遗传分化中起着重要作用。研究结果有助于加深对我国西南地区乃至更大范围内野生菰资源遗传进化的认识,同时为野生菰种质资源保护提供理论依据。