【摘 要】
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目的 应用生物信息学方法对结核分枝杆菌Rv0009基因编码蛋白PpiA的结构与功能进行预测和分析.方法 由NCBI数据库中获得Rv0009基因及PpiA蛋白的相关序列信息;运用ProtParam及P
【机 构】
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潍坊医学院基础医学院病原生物学教研室,山东潍坊261053;潍坊医学院医学检验学院
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目的 应用生物信息学方法对结核分枝杆菌Rv0009基因编码蛋白PpiA的结构与功能进行预测和分析.方法 由NCBI数据库中获得Rv0009基因及PpiA蛋白的相关序列信息;运用ProtParam及ProtScale对PpiA蛋白的理化特性和亲疏水性进行分析;运用NetPhos、TMHMM分析PpiA的磷酸化位点及跨膜区结构;分别运用SOPMA、SWISS-MODEL、ABCpred预测PpiA蛋白的二级结构和三级结构;运用SYFPEITHI软件进行抗原表位的预测分析;运用STRING预测PpiA的相互作用蛋白,并对其生物过程进行功能富集分析. 结果 结核分枝杆菌蛋白PpiA由182个氨基酸组成,分子式为C848H1310N238O267S4,属于稳定的亲水性蛋白;其二级结构中无规则卷曲(Cc)含量占53.85％,α-螺旋(Hh)含量占18.68％,β-折叠(Ee)占20.88％,β-折角(Tt)含量占6.59％.PpiA蛋白无信号肽和跨膜区结构,具有14个磷酸化优势位点;该蛋白含有18个B细胞抗原优势表位以及3个CTL细胞抗原优势表位,其互作蛋白分别为groEL2、groEs、TB18.6、dnak、tpx和tur等,并参与多种生物学过程. 结论 生物信息学分析PpiA蛋白具有良好的抗原优势表位和氨基酸磷酸化位点,参与分子伴侣介导的蛋白质折叠、抵抗压力以及应激调节等生物学过程,是探索结核分枝杆菌持久性感染机制的重要研究靶标.
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