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通过正交设计实验综合分析了内充羟丙基甲基纤维素（ＨＰＭＣ）无胶筛分毛细管电泳中的分离场强，ＨＰＭＣ浓度、柱长度和柱内径对核酸分离的影响。结果表明，柱长度越长、丙径越小、分离场强越小，分离效果越好。考察实际情况，为能在短时间内使几百个碱基对的核酸得到有效分离，一般选择３７ｃｍ×７５μｍｉ．ｄ．的涂壁毛细管、柱内质量浓度为８ｇ／Ｌ的ＨＰＭＣ、场强为３２４Ｖ／ｃｍ的条件，并在此种条件下分析了ＡｐｏＢ１０