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膜蛋白的拓扑学是研究膜蛋白三维结构的出发点.利用融合蛋白和化学修饰等实验技术已确定了很多膜蛋白的拓扑学.对膜蛋白的转运与插膜的研究确定可能存在两类插膜元件.对已知拓扑学的膜蛋白的统计分析以及蛋白质工程的研究表明存在膜蛋白拓扑学的内正规则.目前已形成预测膜蛋白的拓扑学的比较可靠的策略,这在反向生物学上具有重要意义但要进行三维结构的预测还有许多路要走.