珠江口—琼东南盆地深水区古近系共划分出三套沉积层序,即始新统—文昌层序,恩平—崖城层序和珠海—陵水层序。综合应用单井相、地层等厚图、地震相平面图、地震砂岩指数平面图,参考断陷盆地沉积体系发育特征,结合构造背景,综合编制了全区各个体系域的沉积相平面图。南海北部深水区始新统发育三个大型的湖泊区,东部为白云凹陷,西部为松南—宝岛凹陷和陵水—乐东凹陷,该时期表现出比较明显陆相断陷湖盆的分隔性,除了三大湖盆外,还发育5～6个小型湖泊。渐新世早期海进区域集中在琼东南盆地,海水可能从东西两个方向进入琼东南盆地,形成东西两个浅海区,中间有浅海相和剥蚀区分隔;东部白云凹陷未发育海进,保持湖泊环境;顺德—开平凹陷亦为湖泊环境,由独立的湖泊相逐渐扩大为连片湖相沉积。渐新世晚期全区发生海进,但海进方向存在差异,东部白云凹陷—顺德—开平凹陷的海水可能由东部进入,由东向西海进;西部琼东南盆地可能存在东西两个海口,海水从两地进入盆地,继承崖城期的海进方向。