目的:探讨不同软件平台对肠易激综合征(irritable bowel syndrome,IBS)患者肠道菌群结构的分析结果是否存在差异,以及分析结果对疾病鉴别和疗效评价能力的影响。方法:应用Uparse及Mothur软件平台分别对27例粪便菌群16S rRNA高通量测序结果进行分析,比较两种软件平台所得的肠道菌群结构。27例样本中包含健康对照(healthy control,HC组)9例,腹泻型IBS患者治疗前(IBS组)及治疗后(IBS-treatment,IBSt组)各9例。比较两种软件平台所得的肠道菌群结构在HC组vs.IBS组和IBS组vs.IBSt组间的差异。结果:(1)Uparse及Mothur平台分析所得的27例粪便样本菌群结构在门水平差异不显著,而科水平和属水平差异显著;(2)不论是Mothur平台还是Uparse平台,HC组vs.IBS组、IBS组vs.IBSt组,菌群结构差异无统计学意义(Uparse平台:HC组vs.IBS组,F=0.98,P=0.445;IBS组vs.IBSt组,F=0.47,P=0.926;Mothur平台:HC组vs.IBS组,F=0.82,P=0.646;IBS组vs.IBSt组,F=0.37,P=0.961);IBSt组肠道菌群Shannon指数显著低于IBS组;(3)通过差异物种分析,两个平台数据都能得出HC组与IBS组的差异菌属,而仅Uparse平台的数据能够得到IBS组和IBSt组的差异菌属。结论:不同平台对于相同菌群高通量测序分析的结果存在分类学及丰度上的差异,为了提高研究的可重复性和可靠性,尤其是在比较不同研究所得的肠道菌群结构的共性时,特别需要注意数据分析方法的应用与选择。