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目的：调查黑龙溪和万花溪水生真菌资源,比较其差异性。方法：2013年3月份从黑龙溪和万花溪中各采集沉水腐木50份,采用保湿培养法对水生真菌进行培养,基于形态学特征对水生真菌进行鉴定。结果：共分离鉴定出48种水生丝孢菌,万花溪30种,黑龙溪21种,Kostermansinda nanum、Phaeoisaria clematidis和Sporidesmiella rosae在两条溪中都有出现。结论：黑龙溪和万花溪中水生真菌资源丰富,人工建坝对真菌群落有影响。