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科技创新平台运行机制建设对平台能否在创新主体间发挥协同创新作用至关重要。在分析科技创新平台协同运行机制内涵的基础上,文章构建了科技创新平台协同运行机制影响因素作用模型,对北京市科技创新平台的创新主体进行访谈和调查,通过调研分析发现:创新主体协同性、创新资源共享性以及平台组织管理模式对平台运行机制建设影响突出。由此,文章提出发挥我国制度优势,增强科技创新平台协同运行的新举措,以期为平台运行机制建设提供理论参考和对策建议。