【摘 要】
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目的分析艰难梭菌基因组中耐药基因、毒力基因和核心基因的分布,明确该菌耐药和毒力的分子特征。方法采用Prokka和FastTree等软件分析已公布的艰难梭菌2 455个基因组的核心基因和系统发生树,并进一步采用Abricate软件和自主开发的软件解析不同核心基因组和分子分型对应的耐药基因和毒力基因的分布特征,明确耐药基因、毒力基因与基因组型的关系。结果基于基因组学特征,CladeⅣ为新发现的进化分支
【机 构】
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北京大学地坛医院教学医院传染病研究所
【基金项目】
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国家重点研发计划（No.2018YFE0192500）；
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目的分析艰难梭菌基因组中耐药基因、毒力基因和核心基因的分布,明确该菌耐药和毒力的分子特征。方法采用Prokka和FastTree等软件分析已公布的艰难梭菌2 455个基因组的核心基因和系统发生树,并进一步采用Abricate软件和自主开发的软件解析不同核心基因组和分子分型对应的耐药基因和毒力基因的分布特征,明确耐药基因、毒力基因与基因组型的关系。结果基于基因组学特征,CladeⅣ为新发现的进化分支,Clade C-Ⅰ/Ⅱ/Ⅲ发现了新的分子分型,万古霉素耐药性的发生具有进化聚集性,临床高毒菌株的基因组分布日益广泛。核心基因组比较分析表明Clade 5中细胞运动性相关基因占比最小。结论通过分析已发表的艰难梭菌基因组序列,描绘该菌耐药基因、毒力基因的进化聚集性、广泛性和核心基因的功能特异性,有助于对该菌的院内传播和流行病学进行研究,为改进临床治疗策略提供更多依据。
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