整体论与还原论的问题既是科学和哲学中的一个长期争论不休的古老论题，也是当代复杂性科学和哲学试图回答的一个核心课题。复杂性科学哲学对整体论的发展主要体现在：对复杂系统突现机理的揭示；对突现性与依随性的反思；对系统整体所具有的下向因果关系的探讨。这些新观点和新理论使突现性与整体性、因果性与层次性、信息与控制、自组织与进化等系统整体论的核心概念更加清晰，特别是，借助于系统宏观层次具有的“下向因果关系错误！未找到引用源。”(downward Causation)的探讨，整体性质与部分性质之间律则的依随关系，或者说突现性质对于依随基或基本性质的依赖性和被决定性、系统整体的不可还原性错误！未找到引用源。等问题得到了深入和细致的说明，使复杂系统突现论正在成为当代整体论的一个新范式。