为实现热-电-氢综合能源系统在满足多种负荷需求的同时，能有效地降低经济成本，提出了一种以经济性为目标的双层优化配置算法，研究了孤岛综合能源系统的优化配置。首先，搭建了热–电–氢混合耦合综合能源系统（the combined hydrogen,heat and power system,CHHP），然后考虑到设备购置、运维以及燃料电池、电解槽和蓄电池的老化建立了系统总目标函数。再采用上层算法为混合正余弦灰狼算法（gray wolf optimization with sine cosine algorithm,GWO-SCA），下层算法为混合整数线性规划（mixed integer linear programming,MILP）的双层优化配置算法对设备容量进行求解。最后运用算例，验证了该算法的优越性。并对系统中的电动汽车负荷考虑了多种充电方式，讨论了不同充电方式对配置结果和经济成本的影响。结果表明所提优化配置方法能够实现综合能源系统的经济、稳定运行。