目的：采用SSR分子标记技术对广西苦玄参主产区69份苦玄参种质样本进行遗传多样性及亲缘关系分析，并筛选与苦玄参苷含量相关联的优良种质基因。为苦玄参种质资源评价、遗传进化分析及分子标记辅助育种等提供依据。方法：基于转录组测序技术，开发20对引物进行批量扩增。利用各标记位点的遗传多态信息，分析69份苦玄参种质的遗传多样性及亲缘关系，并通过一元线性和多元逐步回归分析，筛选与苦玄参苷含量相关联的分子标记。结果：20对SSR引物共扩增出76个等位基因，平均每个位点观测等位基因3.8个，高于有效等位基因数（1.969 2个），稀有等位基因率为38.2%，等位基因分布不均匀。等位基因多态率范围为0～59%，平均38.24%，各位点多态率差异较大。各位点多态信息含量（PIC）变化范围为0～0.621 1，平均0.378 0；Shannon多态性信息指数变化范围为0～1.240 1，平均0.759 0；Nei’s基因多样性指数（Nei）变化范围为0～0.682 3，平均0.440 9；以上3个指标最高的为P21，最低为P7，各位点遗传多样性存在较大差异。各位点平均观测杂合度为0.382 4，低于平均期望杂合度（0.442 5），表现为杂合子缺失；平均遗传分化系数Fst为0.365 9；基因流Nm平均值为0.433 2，种质遗传分化较大，基因流较小。一元线性回归分析和多元逐步回归分析结果表明，与苦玄参苷IA和IB相关的位点各有5个，其中仅有1个位点与2个成分的含量均相关。结论：20个SSR标记位点遗传多样性存在较大的差异，供试69份种质遗传分化大，基因流较小；从供试20个SSR标记中筛选出9个与苦玄参苷含量相关联的标记位点，试验结果可为苦玄参遗传进化分析及良种选育和繁育等提供依据。