本试验旨在运用高通量测序方法研究醋酸棉酚对绵羊瘤胃液真菌多样性的影响。选取8只健康、体重为(49.13±4.70) kg、安装有永久性瘤胃瘘管的哈萨克羊母羊,随机分为2组,分别为对照组和试验组,每组4只。试验期对照组绵羊饲喂基础饲粮;试验组绵羊第1～26天在基础饲粮中添加600 mg/(d·只)醋酸棉酚,在第27～47天醋酸棉酚添加量增加至1 200 mg/(d·只)。采集试验期正试期第1、20、37和47天瘤胃液样品,运用Illumina Hiseq平台测序分析绵羊瘤胃液真菌变化。结果显示:1)由样品物种稀释曲线和累积曲线可以看出,测序深度已经覆盖了瘤胃液样品中大部分的真菌。2)第1、20、47天,试验组与对照组相比瘤胃液真菌的Alpha多样性指数差异不显著(P>0.05);第37天时,试验组瘤胃液真菌的Shannon和Simpson指数显著高于对照组(P<0.05)。3)主坐标分析图显示,试验组与对照组瘤胃液真菌样品聚集在一起。4)在属水平上,第20和37天,试验组瘤胃液真菌区系中毛霉菌属(Mucor)相对丰度显著高于对照组(P<0.05)。第47天,试验组绵羊瘤胃液真菌区系中Metschnikowia相对丰度显著高于对照组(P<0.05)。综上所述,低浓度醋酸棉酚对绵羊瘤胃液真菌多样性无明显影响,醋酸棉酚浓度增加至1 200 mg/(d·只)时,Simpson和Shannon指数显著升高;醋酸棉酚对绵羊瘤胃液真菌主要优势菌属组成无显著影响。