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微生物在生态环境中具有重要作用,与整个生态系统中物质循环和能量流动密切相关。目前微生物区系的研究不断揭示环境样品中微生物群体的结构和功能。系统生物学研究思路不断地被引入进来,例如微生物区系基因组学、宏蛋白组学、生物信息学等。后基因组研究将对微生物区系的发展起到极其重要的作用。文章对应用到微生物区系研究的一些生物学方法进行了综述。