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本文提出了一种计算蛋白质绝对进化距离和进化速率的方法，它根据现有同源蛋白质的序列构建分子进化树，并推断进化过程中各结点处的共同祖先序列，根据某成员与某结点处共同祖先序列的氨基酸差异百分率，计算该蛋白质序列的特异进化距离和进化速率，比较我们的算法和Ｄａｙｈｏｆｆ等的模拟统计方法表明，我们的算法在一定范围内是正确的，结合计算哺乳动物红细胞生成素的进化速率，讨论了本算法在分子进化研究中的应用。