为给我国樱属植物的物种分类、保护以及新品种选育等提供一定的理论基础,本试验以我国30种典型樱属植物为材料,利用SSR分子标记技术进行亲缘关系分析,并辅以形态分类予以研究。SSR聚类结果表明,30种樱属植物分为3大类群(Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ),9小类群(Ⅰ、Ⅱa、Ⅱb、Ⅱc、Ⅱd、Ⅱe、Ⅲa、Ⅲb和Ⅲc),其中,Ⅰ类群包括郁李、麦李、毛樱桃和圆叶樱桃,表明圆叶樱桃与传统矮生樱亚属植物亲缘关系相对较近;Ⅱ类群中的Ⅱa包括高盆樱、武夷红樱、细齿樱桃和钟花樱,Ⅱb包括尾叶樱、短梗尾叶樱、磐安樱、重齿樱桃、襄阳山樱桃、浙闽樱和黑樱桃,Ⅱc包括多毛樱桃、沼生矮樱、雪落樱和短萼樱桃,Ⅱd包括山樱、毛叶山樱和红山樱,Ⅱe包括华中樱和野生早樱,表明细齿组、裂瓣组、黑果组以及部分新的矮生樱亚属管萼组植物亲缘关系较为接近;Ⅲ类群中的Ⅲa包括迎春樱,Ⅲb包括刺毛樱桃、托叶樱桃和散毛樱桃,Ⅲc包括崖樱桃和康定樱桃,表明重齿组、伞形组和总状组亲缘关系较为接近。总体而言,SSR聚类结果与形态分类大体一致,但也有极少数物种明显有悖于形态分类的结果。此外,分子标记聚类结果结合形态性状分类表明,多毛樱桃应由典型樱亚属的伞形组划分为矮生樱亚属的钟萼组,且多毛樱桃、雪落樱和沼生矮樱并未聚类到矮生樱亚属中,因此,以单芽和三芽作为区分典型樱亚属与矮生樱亚属的标准有待商榷。本试验结果为我国樱属植物进一步的分类研究、物种资源保护和利用、杂交亲本选择、嫁接繁殖应用等提供了重要的参考。