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通过目前证候物质基础与中药药效物质基础研究的现状与存在问题的分析，认为无论是“证”或“方”都是一个复杂的整体系统，研究方与证的物质基础，应在病证结合的基础上，遵循整体性原则、动态性原则。背离整体性原则，割裂方证的关联，无视动态的观念，可能将失去辨证论治与中医复方的特色和优势。代谢组学研究技术架起方与证研究的桥梁，寻找病与证和方与证的契合点及方与证效应的靶点，建立病证结合，方证相应的系统——系统的方证相应动态研究方法具有重要意义。