基于Pthreads的并行DSRC压缩算法设计与实现

来源 :计算机科学 | 被引量 : 0次 | 上传用户：lnlsq

【摘要】

：

高通量测序仪产生大量的DNA数据,FASTQ是被广泛使用的存储DNA数据的数据格式.对FASTQ格式的数据进行压缩处理,能有效地节省存储空间.DSRC算法具有压缩比高的优点,因此对DSRC

【作者】

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詹科张云泉王婷郑晶晶张鹏

【机构】

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中国科学院软件研究所并行软件与计算科学实验室,中国科学院计算技术研究所计算机体系结构国家重点实验室,广州中国科学院软件应用技术研究所

【出处】

：

计算机科学

【发表日期】

：

2015年1期

【关键词】

：

FASTQ 数据压缩 DSRC Pthreads FASTQ Data compression DSRC Pthreads

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高通量测序仪产生大量的DNA数据,FASTQ是被广泛使用的存储DNA数据的数据格式.对FASTQ格式的数据进行压缩处理,能有效地节省存储空间.DSRC算法具有压缩比高的优点,因此对DSRC算法进行并行能提高压缩FASTQ格式的DNA数据的效率.基于Pthreads,实现了并行DSRC算法.测试结果表明,当使用4线程时加速比达到3.5.

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