【摘 要】
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目的:通过TCGA和GEO数据库筛选与食管腺癌相关的关键基因,并分析其生物学功能、相关信号通路和临床意义.方法:综合TCGA数据库食管腺癌数据和GEO数据库GSE92396芯片数据,使用R
【机 构】
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河北医科大学第四医院胸外科 河北石家庄050011;河北医科大学第四医院CT室 河北石家庄050011;河北医科大学第四医院河北省肿瘤研究所 河北石家庄050011
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目的:通过TCGA和GEO数据库筛选与食管腺癌相关的关键基因,并分析其生物学功能、相关信号通路和临床意义.方法:综合TCGA数据库食管腺癌数据和GEO数据库GSE92396芯片数据,使用R软件的DEseq2包和Limma包进行差异表达基因分析,获得共同差异表达基因.利用R软件的clusterProfiler包对共同差异表达基因进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析.运用string网站和Cytoscape3.7.2软件进行蛋白互作网络分析,筛选出调节食管腺癌蛋白表达量的关键节点基因,再结合TCGA数据库分析关键节点基因与患者生存的关系.结果:通过数据库中90例食管腺癌组织和18例正常食管组织标本的基因芯片数据的分析,获得共同差异表达基因521个,其中高表达基因356个,低表达基因165个,它们主要与表皮发育和表皮细胞分化的代谢过程等相关功能和细胞因子及其受体相互作用等信号通路密切相关.蛋白互作网络分析得出15个关键节点基因,其中CXCL8和CCL20低表达的食管腺癌患者生存期显著长于高表达者(中位生存期32.4 vs 19.7个月,P＜0.05;32.4 vs 13.9个月,P＜0.05).结论:数据库挖掘显示CXCL8与CCL20基因可能在食管腺癌的发生发展及预后中起着重要作用,可以作为判断患者预后的潜在指标.
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