基于Bioperl的生物二次数据库的设计与实现

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  摘要:在分子生物学研究中,建立二次数据库可以更深入的进行特色物种的研究。通过分析了构建生物信息二次数据库的复杂性和必要性,在MySQL数据库的基础上利用Bioperl相关技术提出了可行性方案,并给出了关键的构建步骤,最后建立了一个生物信息研究平台。 全文查看链接   3.4生物二次数据库的运行环境 全文查看链接   在将各种序列数据导入数据库之前,先将NCBI的物种分类数据库导入,可对后续的数据处理工作提供便利。利用biosql-1.0.1中自带的perl脚本load_ncbi_taxonomy.pl,设置perl命令的–download参数从网上下载并导入数据库,这个过程大约需要7个小时。如果把taxonomy文件从该网站下载到本地,再进行导入,运行时间会大大缩短,此时还要注意,/tmp目录的空间是否充足,否则会现运行错误。 全文查看链接
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