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为有效防范科研经费腐败风险,存在四个有争议的问题。1.科研项目能不能搞承包制?如果把承包制嵌入到传统管理环节中来,将有助于提高科研效率。2.项目科研人员该不该获得劳动报酬?应根据"等量劳动获取等量报酬"原则,差别对待。3.项目科研工作与经费使用该不该分开管理?科研管理部门可以通过档案化管理,介入到经费使用合理性监管中来。4.能否利用项目经费结余搞科研奖励机制?可以建立结余经费逆向激励机制实施绩效管理。