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针对采用矩谐分析方法构建地磁基准图的边界震荡问题,提出一种基于二维经验模态分解的区域地磁异常数据边界补偿方法.采用二维经验模态分解方法对区域地磁异常数据进行多尺度分解,对分解所得小尺度本征模态函数分量,利用总体Hilbert变换法进行瞬时频率和瞬时幅值特征提取,通过自采样和特征匹配进行边界补偿;将大尺度分量之和作为趋势项,利用三角函数方法建立模型并计算边界之外的大尺度磁异常值.实验证明,相比当前已有方法,可以更加有效地抑制对区域地磁异常数据进行矩谐分析的边界震荡问题,稳定提高构建地磁基准图的准确性.