2014年3月云南地区发生H5N1亚型禽流感疫情.为了解引起该疫情的病毒全基因变异特征及遗传进化关系,我们在云南通海、安宁、大理采集死亡鸡喉气管40份,经H5N1亚型禽流感病毒(AIV)特异性多重RT-PCR检测.从检测结果呈阳性的26份样品中每个地区挑选2份病毒阳性样品进行全基因测序分析,结果显示6株AIVs均属于2.3.4.4进化小分支.同一病毒株不同基因节段呈现不同进化关系.蛋白序列的变化主要为:HA的受体结合位点和表位关键性氨基酸位点存在变异,新增加2个糖基化位点;NA缺失4个糖基化位点;PB2的aa627为谷氨酸(E);NS在aa80～aa84发生缺失;PB1、PA、NP、M关键性氨基酸位点均存在部分替代或突变.本研究测序的6个H5N1亚型AIVs与之前的AIVs间具有遗传差异,这种进化小分支2.3.4.4的AIVs已成为当地流行的优势病毒株.