基于地理空间二三本性,构建地理距离空间权重矩阵与创新网络空间权重矩阵,对比不同空间权重矩阵下2006—2014年中国大陆285个地级及以上城市创新产出的时空演化特征;构建静态与动态空间面板杜宾模型,对比分析不同城市空间关系下影响中国城市创新产出的主要因素及空间知识溢出效应。结果显示:中国城市创新空间格局呈现出相似创新水平城市空间集聚与多创新中心网络化空间结构特征,在知识生产过程中不能忽视知识空间溢出效应对城市创新产出与空间格局的影响。知识存量对城市创新产出具有促进作用,科技资本的投入对创新产出的促进作用大于科技劳动力的投入。因地制宜,因城施策,合理地进行交通基础设施,信息化、人力资本的投入与建设,借助空间溢出效应实现中国创新驱动战略目标与协同创新发展的空间格局。