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目前通用的经济责任审计指标没有充分考虑组织机构特点、行业的差异性，照搬套用，不能全面、完整、准确评价科学事业单位经济责任情况。本文结合科学事业单位的特点，运用综合平衡计分卡的基本原则，从财务、客户、内部流程、学习与成长、社会效益五个层面构建科学事业单位经济责任审计评价体系，能从更全面更客观的角度对科学事业单位领导干部任职期间的经济责任情况进行审计评价。