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由于原核细胞mRNA3′端不存在ploy（A）结构，因而原核细胞DDRT-PCR引物设计不同于真核细胞。尽管不能根据oligo（dT）设计引物，但利用全基因中高度分散重复的短序列或回文序列却能有效地克服mRNA分子结构影响，最大限度地扩增全长cDNA。并且这两种引物设计方法还可以提高RNA指纹图谱的重复性，降低反应的假阳性，为原核细胞DDRT-PCR引物设计提供新的思路。