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通过周年逐月定时从湾内不同地点、几种渔具的渔获物中采样分析,共发现东山湾有鱼类261种,分隶22目79科249属。其种类组成以假虎鱼科、鲱科、鯷科、鲹科、石首鱼科和蛇鳗科、鲾科、石鲈科等小型、移动范围不大的鱼类为主。常年栖息于湾内的鱼种少,多数种类随湾内水温等生活环境的变化,迁移于湾内湾外。常年栖息湾内的种类虽少,但在渔获物组成中起着重大作用。